شناسایی و اعتبارسنجی In Silico ژن yidC به عنوان نشانگر اختصاصی Lactiplantibacillus plantarum بر پایه آنالیز پان ژنوم جهت طراحی آغازگرهای LAMP

شناسایی دقیق تنها گونه Lactobacillus plantarum در محصولات پروبیوتیک، به دلیل شباهت ژنتیکی بالا با گونه های نزدیک و محدودیت روش های متداول مولکولی، همچنان یکی از چالش های مهم در کنترل کیفیت و اصالت سنجی فرآورده های پروبیوتیک محسوب می شود. در این میان، توسعه آزمون های تشخیصی مبتنی بر Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) همراه با طراحی هدفمند آغازگرها بر پایه تحلیل های ژنومیک و بیوانفورماتیک شناسایی سریع، حساس و اختصاصی این گونه فراهم کرده است. به منظور ارزیابی اختصاصیت پان ژنوم بر ۱۱۰۶ ژنوم کامل درمانی Complete Genomes (دریافت شده از پایگاه داده RefSeq) با بهره گیری از نرم افزار پانارو صورت گرفت. در نهایت ۳۰۶۱ ژن هسته استخراج گردید. ژن های مذکور که در دست کم ۹۸٪ سویه های بررسی شده حضور داشتند. اختصاصیت توالی ها از طریق جستجوی BLAST در پایگاه داده NCBI و تحلیل هم ترازی با ژنوم های مرجع مورد بررسی قرار گرفت و اعتبارسنجی اختصاصیت ژن هدف، آغازگرها و محصول تکثیر (Amplicon) صرفا به صورت in silico انجام شد. نتایج نشان داد ژن yidC و آغازگرهای طراحی شده از اختصاصیت بالایی برای Lactiplantibacillus plantarum subsp. Plantarum برخوردارند و محصول تکثیر پیش بینی شده (Amplicon) دارای طول ۶۰۰ جفت باز (محدوده بین پرایمرهای F۳ وB۳) می باشد. این مجموعه آغازگرها، پس از اعتبارسنجیin silico، می توانند به عنوان گزینه ای مناسب برای ارزیابی و اعتبارسنجی آزمایشگاهی آزمون LAMP در مطالعات آینده مورد استفاده قرار گیرند

کلیدواژه ها:

تکثیر هم دما ، LAMP ، لاکتی پلانتی باسیلوس پلانتاروم ، پان-ژنوم ، yidC