بررسی طراحی هدفمند پرایمرهای LAMP SSP برای شناسایی ژن SLCO۱B۱

واکنش تکثیر ایزوترمال با واسطه حلقه (Loop-mediated Isothermal Amplification, LAMP) به عنوان یکی از روشهای نوین و سریع در تشخیص مولکولی قابلیت بالایی در شناسایی اختصاصی پلی مورفیسمهای تک نوکلئوتیدی (Single Specific Polymorphism, SSP) دارد. در این مطالعه پروتکل طراحی پرایمرهای LAMP-SSP برای ژن ناقل کبدی OATP۱B۱ کد شده توسط ژن (SLCO۱B۱) ارائه می شود. این ژن نقش کلیدی در جذب کبدی داروها ایفا کرده و تغییرات ژنتیکی آن به ویژه پلی مورفیسم ۱s۴۱۴۹۰۵۶ ارتباط مستقیمی با فارماکوکینتیک و فارماکوژنومیک داروهای استاتین دارد؛ به گونه ای که می تواند منجر به کاهش اثر بخشی یا افزایش عوارض جانبی شود. برای طراحی اختصاصی از ابزارهای محاسباتی معتبر مانند NEB LAMP Tool و Primer Explorer استفاده شد و توالی های مرجع از پایگاه داده NCBI GenBank استخراج گردید. شش پرایمر اصلی شامل F۳, B۳, FIP, BIP, LoopF, LoopB طراحی شدند و دو مجموعه مجزا برای آلل های T و C در SNP هدف در نظر گرفته شد تا امکان اجرای دو واکنش مستقل فراهم گردد. این رویکرد دوگانه حساسیت و ویژگی بالای تشخیص را تضمین کرده و قابلیت کاربرد در غربالگری های بالینی سریع و مقرون به صرفه را دارد. نتایج این طراحی می تواند به عنوان یک چارچوب عملی برای توسعه کیت های تشخیصی مبتنی بر LAMP در حوزه فارماکوژنومیک و پزشکی شخصی مورد استفاده قرار گیرد.

کلیدواژه ها:

SLCO۱B۱ ، OATP۱B۱ ، ۱s۴۱۴۹۰۵۶ ، Statin-induced myopathy ، LAMP ، SSP ، Pharmacogenomics ، Genotyping ، Point-of-care