تحلیل پیش بینی تعاملاتmiRNA با ژن های ریبوزومی RPS۲۸ و RPL۳۱ و نقش آن ها در پاسخ ایمنی ماکیان به عفونت ویروس آنفلوآنزا

ریزRNAها (miRNAها) مولکول های RNA کوچک نارمزگر هستند که با طول تقریبی برابر با ۱۸ تا ۲۵ نوکلئوتید از راه جفت شدن با توالی های مکمل در mRNA  هدف، پایداری آن و ترجمه ژن ها را در سطح پسارونویسی تنظیم می کنند. این مولکول ها، نقش مهمی در فرآیندهای زیستی گوناگون از جمله رشد، تمایز سلولی، سوخت و ساز، مرگ برنامه ریزی شده سلول و همچنین، بیماری های گوناگونی همچون سرطان و بیماری های عفونی دارند. در ماکیان، miRNAها نه تنها در رشد و سوخت و ساز بلکه به ویژه در تنظیم پاسخ ایمنی و مقاومت در برابر عوامل بیماری­زایی مانند ویروس آنفلوآنزا تاثیرگذارند، به­طوری که تغییرات بیان آن ها می تواند به عنوان بخشی از سازوکار دفاعی میزبان عمل کند یا به­وسیله ویروس برای تسهیل فرآیند عفونت دست­کاری شود. هدف این تحقیق، شناسایی و تحلیل miRNAهای کلیدی مرتبط با پاسخ ایمنی طیور به عفونت آنفلوآنزا و همچنین، بررسی تعامل آن ها با دو ژن اساسی ریبوزومی، RPS۲۸ و RPL۳۱، بود. این دو ژن از یک پژوهش دیگر استخراج شده بودند که داده های ریزآرایه DNA مربوط به عفونت آنفلوآنزای ماکیان (GSE۹۶۸۳۷) را از پایگاه GEO/NCBI به­دست آورده و با استفاده از تحلیل شبکه هم بیانی ژن ها، شناسایی کرده بودند. سپس، تعاملات miRNA–mRNA با استفاده از ابزار جامع tools۴miRs.org و با چندین الگوریتم مختلف (شامل TargetSpy، Miranda و RNAhybrid ) پیش بینی شد. نتایج نشان داد miRNAهایی چون gga-mir-۲۱۴، gga-mir-۱۹۴، gga-mir-۷۴۷۷-۵p و gga-mir-۶۶۴۲-۳p با توجه به تعداد جایگاه های اتصال و تایید چندین ابزار مستقل، از پتانسیل بالایی در تنظیم مسیرهای مرتبط با آپوپتوز، تنظیم سیتوکاین ها و کنترل ایمنی ضدویروسی برخوردار هستند.

کلیدواژه ها:

پاسخ ایمنی ، ریزRNAها ، ژن های ریبوزومی ، ماکیان ، ویروس آنفلوآنزا