ارزیابی بیماری MS با استفاده از Cytoscape Database در شبکه هم بیانی ژنی

چکیده ارزیابی بیماری MS با استفاده از Cytoscape Database در شبکه هم بیانی ژنی فائزه قربانی فائزه قربانی کارشناس ارشد ژنتیک، گروه علوم پایه، واحد تبریز، دانشگاه آزاد اسلامی واحد تبریز، ایران مقدمه ام اس یک بیماری خودایمنی است که در آن سیستم عصبی مرکزی دمیلینه شده و هدایت پیام عصبی مختل می شود. در سال ۲۰۲۳ ۲/۹ میلیون نفر با این بیماری شناسایی شده اند. با وجود مطالعات گسترده در ام اس درک مکانیسم های بیماری زایی آن هنوز با چالش های متعددی روبرو است. امروزه علم بیوانفورماتیک با تحلیل داده های بیان ژنی می تواند نشانگرهای زیستی جدیدی را برای درک مکانیسم پیش آگهی و تشخیص بیماری های مختلف از جمله ام اس ارائه کند. هدف: هدف این تحقیق رسم شبکه miRNA-mRNA و شناسایی miRNAهای مرتبط با بیماری ام اس می باشد که می توانند به عنوان نشانگرهای زیستی جدید برای تشخیص پیش آگهی و پایش ام اس عمل کنند. روش اجرای تحقیق داده های بیان ژن از نمونه های خون محیطی بیماران ام اس و افراد سالم از پایگاه داده NCBI GEO به دست آمد. ژن ها با بیان متمایز (DEGS) با استفاده از ۰.۰۱≥Adj p-values و ۲ < logFC ۲۲ شناسایی شدند. یک شبکه تعامل پروتئین-پروتئین (PPI) از DEG ها با استفاده از پایگاه داده STRING ساخته شد و با Cytoscape رسم و آنالیز شد. تجزیه و تحلیل غنی سازی عملکردی با استفاده از GeneCodis انجام شد. miRNAهای هدف برای ژن های شبکه PPI با استفاده از پایگاه داده miRWalk پیش بینی شد و یک شبکه تنظیم کننده miRNA-mRNA در سایتواسکیپ ساخته و آنالیز شد. نتایج با استفاده از DEGهای به دست آمده و پایگاه داده STRING شبکه PPI ساخته شده و توسط سایتواسکیپ آنالیز شد و ژن های کلیدی مرتبط با ام اس را شناسایی کرد. تجزیه و تحلیل بعدی با استفاده از miRWalk هفت miRNA که ژن های درون این شبکه را هدف قرار دهند را شناسایی کرد. این miRNA ها ارتباط قوی با ام اس نشان دادند و کاندیدای بالقوه ای برای استفاده به عنوان نشانگرهای زیستی هستند. نتیجه گیری این مطالعه مبتنی بر بیوانفورماتیک hsa-miR۴۶۵۰-۳p hsa-miR-۴۲۲a hsa-miR-۶۸۷۵-۵p hsa-miR-۶۸۳۳-۵p hsa-miR-۶۶۵ miR-۴۷۵۴ و has-mir-۷۱۱۰-۵p را به عنوان نشانگرهای زیستی بالقوه برای ام اس شناسایی کرد. این یافته ها مستلزم تحقیقات بیشتر در شرایط آزمایشگاهی برای تایید کاربرد تشخیصی و پیش آگهی آنها و ارزیابی پتانسیل آنها برای عملکرد بالینی است. مطالعات آتی باید بر اعتبارسنجی تجربی این miRNAها در گروه های بزرگ تر بیماران متمرکز شود و پتانسیل آنها را به عنوان اهداف درمانی بررسی کند.

کلیدواژه ها:

مالتیپل اسکلروزیس ، نشانگر زیستی ، شبکه برهم کنش پروتئین-پروتئین ، miRNA ، شبکه