بهینه سازی روش پی سی آر آشیانه ای در ردیابی باکتری سخت کشت Xylella fastidiosa

باکتری Xylella fastidiosa، گونه ای سخت کشت و محدود به آوند چوبی و عامل بروز بیماری های جدی در گیاهان مختلف می باشد. تاکنون، اپیدمی های وسیع و ریشه کن کننده در نقاط مختلف دنیا از این باکتری گزارش شده است. در دهه اخیر، علائم بیماری های ناشی از X. fastidiosa در برخی از مناطق ایران روی درختان میوه از جمله بادام و انگور مشاهده شده است. میزان حساسیت، به صرفه بودن، موثر و قابل اعتماد بودن روش های ردیابی X. fastidiosa در گیاهان و حشرات ناقل به ویژه در گیاهان چند ساله مانند انگور و پسته که جمعیت باکتری در آن ها کم است، از نظر قرنطینه و مدیریت بیماری بسیار ضروری است. علیرغم دقت بالای ردیابی به روش PCR روی یاخته های کشت شده، کشت باکتری X. fastidiosa بسیار پر هزینه، زمان بر و با درصد موفقیت پایین گزارش شده است. بنابراین، به منظور بهینه سازی روشی سریع، کم هزینه و با دقت برای ردیابی باکتری سخت رشد آوندی X. fastidiosa به طور مستقیم از گیاه میزبان، PCR آشیانه ای دو مرحله ای، برای تکثیر ژنRNA polymerase gene ۷۰S sigma طراحی شد. طبق نتایج به دست آمده از این روش، از ۲% کل نمونه های استخراج یافته، به ۷% در نمونه های استخراج یافته بهبود یافت. بنابراین، استفاده از روش PCR آشیانه ای می تواند روش جایگزین سریع، به صرفه و موثر برای ردیابی مستقیم این باکتری از میزبان باشد.

کلیدواژه ها:

پیرس انگور ، باکتری سخت کشت ، PCR استاندارد ، PCR آشیانه ای ، RNA polymerase gene ۷۰S sigma ، Xylella fastidiosa