بررسی ارتباط چندشکلی در ژن‎ های PDK۴ و THRSP با صفات مرتبط با رشد در یک لاین تجاری مرغ گوشتی

چکیده مبسوط مقدمه و هدف: نرخ رشد از مهم ترین صفات اقتصادی در جوجه های گوشتی به‎ شمار می‎رود که با پتانسیل ژنتیکی پرنده و تحت تاثیر عوامل غیر ژنتیکی تغییر می‎ کند. از سوی دیگر، سندرم آسیت یک اختلال متابولیکی ژنتیکی در مرغ های گوشتی است که بروز آن با استعداد ژنتیکی پرنده و شرایط محیطی از جمله تغذیه و شرایط پرورش ارتباط دارد و شیوع آن با افزایش ارتفاع محل پرورش از سطح دریاهای آزاد رابطه مستقیم داشت؛ اما امروزه در ارتفاعات پایین نیز دیده می شود که به‎دلیل مشکلات متابولیکی است. این سندرم غالبا در پرندگان گوشتی نر رخ می ‎دهد و تصور بر این است که وقوع آسیت با سرعت رشد پرنده در ارتباط است و سبب شکل گیری این فرضیه شده است که احتمالا برخی واریانت های ژنی دخیل در بروز آسیت، با صفات رشد نیز هم راستا باشند. هدف این مطالعه، ارزیابی ارتباط چندشکلی دو ژن کاندید مرتبط با سندرم آسیت، یعنی PDK۴ و THRSP، با صفات وزن بدن هفتگی و نرخ رشد در یک لاین تجاری مرغ گوشتی بود. مواد و روش ‎ها: تحقیق حاضر در سه فاز آنالیز بیوانفورماتیکی، مزرعه ‎ای و آزمایشگاهی انجام شد. در فاز اول برای شناسایی واریانت ‎ها در شش ژن CPT۱A، GPR۱۸۲، MEF۲A، FABP۴، PDK۴، THRSP از داده ‎های RNA-seq استفاده شد و سپس جهت ‎یابی برای طراحی نشانگرهای RFLP انجام گرفت تا جایگاه ‎هایی انتخاب شوند که با یک آنزیم برشی ارزان قیمت قابل تعیین ژنوتایپ باشند. در نهایت، یک واریانت دوآللی T/C از PDK۴ و یک واریانت دوآللی A/G از THRSP برای ارزیابی جمعیتی برگزیده شدند و ژنوتایپ‎ گیری هر دو با آنزیم ScaI انجام گرفت. در فاز مزرعه ‎ای، جمعیت مطالعه شامل ۸۲۳ قطعه (۳۸۱ نر، ۴۴۲ ماده) از ۲۳ خانواده ناتنی پدری بود که تمامی رکوردهای وزن بدن از روز ۱ تا ۴۲ به صورت هفتگی برداشت شدند. نرخ رشد در بازه های ۱ الی ۲۱، ۲۱ الی ۴۲ و ۱ الی ۴۲ روزگی محاسبه گردید. پرنده‎های آسیتی با بررسی مشخصات ظاهری، ژولیدگی پرها، افتادگی بال‎ ها و تجمع مایع آبکی در شکم شناسایی شدند. برای آزمون ارتباط ژنوتیپ با فنوتیپ، بین ژنوتیپ ‎ها در دو ژن مذکور و فنوتیپ ‎ها از رکوردهای تعداد ۱۱۴ قطعه جوجه متعلق به چهار گروه نر سالم (۴۴ قطعه)، نر بیمار (۱۱ قطعه)، ماده سالم (۵۵ قطعه) و ماده بیمار (۴ قطعه) استفاده شد. برای آنالیز آماری داده ‎ها، رویه‎ های univariate و GLM استفاده و در SAS اجرا شدند. جنسیت، وضعیت سلامت و ژنوتیپ به عنوان عوامل ثابت در مدل وارد شدند و میانگین ‎ها با آزمون توکی مقایسه شدند. یافته ‎ها: تعداد ۷۵ SNP در شش ژن مورد مطالعه شناسایی شدند که تعداد ۵۷ تا از آن‎ها با استفاده از آنزیم برشی و روش RFLP قابل تعیین ژنوتیپ بودند. بعد از بررسی‎های دقیق ‎تر، یک واریانت از ژن PDK۴ و یک واریانت از ژن THRSP جهت آنالیز آزمایشگاهی مورد انتخاب قرار گرفتند. در هر دو ژن، تنوع ژنوتیپی مناسبی برای تحلیل مشاهده شد. در جایگاه PDK۴، فراوانی ژنوتیپ ‎های CC، TC، TT به‎ ترتیب ۰/۱۰۵، ۰/۶۵۸، ۰/۲۳۷ و در THRSP فراوانی ژنوتیپ ‎های AA، AG، GG به ‎ترتیب ۰/۱۸۵، ۰/۵، ۰/۳۱۵ به ‎دست آمد. همان‎ گونه که انتظار می رفت، تفاوت های ثابت زیستی در جمعیت نیز مشاهده شدند: نرها در بیشتر ایستگاه های سنی وزن و نرخ رشد بالاتری از ماده ها داشتند، و پرندگان آسیتی، به‎ خصوص در اواخر دوره، کاهش رشد و وزن گیری نسبت به سالم ها نشان دادند. با این‎ حال، هیچ یک از ژنوتیپ ها در دو ژن مورد بررسی، در هیچ یک از صفات وزن بدن هفتگی و نرخ رشد تفاوت معنی دار آماری ایجاد نکردند (۰/۰۵