بررسی تنوع ژنتیکی و الگوی فیلوژنتیکی اشریشیاکلی مدفوعی در شهر کرمان با استفاده از روش های مولکولی پیشرفته

اشریشیاکلی یکی از شایع ترین باکتری های عامل عفونت های گوارشی و خارج گوارشی در انسان و دام ها است. در این مطالعه ۱۰۰ نمونه مدفوع از بیماران شهرستان کرمان جمع آوری و ایزوله های اشریشیاکلی با روش های کشت رایج بیوشیمیایی شناسایی شدند. سپس تنوع ژنتیکی این ایزوله ها با استفاده از روش RAPD و گروه بندی فیلوژنتیکی با روش Triple-PCR و پرایمرهای اختصاصی ژن های مارکر ja chuA و قطعه TspE۴.۲ تعیین شد. کیفیت DNA استخراج شده با اسپکتروفتومتری بررسی و محصولات PCR به وسیله الکتروفورز روی ژل آگارز مشاهده شدند. داده های مولکولی با نرم افزار NTSYS برای تحلیل خوشه ای و تعیین میزان شباهت ژنتیکی تحلیل شدند. گروه بندی فیلوژنتیکی نشان داد که بیشترین فراوانی ایزوله ها به گروه های B۲ و ۲۸ درصد تعلق داشت و گروه های B۱ و D با درصدهای کمتر ۷ و ۱۷ درصد شناسایی شدند. تحلیل RAPD نیز تنوع ژنتیکی گسترده ای را بین ایزوله ها نشان داد به طوری که میزان شباهت ژنتیکی بین ۱۴ تا ۱۰۰ درصد متغیر بود. دندروگرام حاصل از تحلیل خوشه ای بیانگر وجود تنوع ژنتیکی بالا در ایزوله های منطقه بود. مطالعه حاضر تنوع ژنتیکی و توزیع گروه های فیلوژنتیکی اشریشیاکلی را در نمونه های مدفوع بیماران شهرستان کرمان مشخص کرد و نشان داد که گروه های B۲ و A بیشترین شیوع را دارند. این داده ها می توانند مبنایی برای تحقیقات بیشتر اپیدمیولوژیک و تدوین راهکارهای کنترل عفونت های ناشی از این باکتری در منطقه باشد.

کلیدواژه ها:

اشریشیاکلی ، نمونه های مدفوع ، تنوع ژنتیکی ، فیلوژنتیکی