بررسی گونههای همولوگ با برخی از زیرگونههای Centaurea aucheri در پایگاه اطلاعاتی NCBI

یکی از پرکاربردترین ابزارهای موجود در بانک ژن NCBI ابزار BLAST۲ است که به محققان امکان می دهد تا توالی های RNA DNA یا پروتئین را با پایگاه دادههای موجود مقایسه کنند این ابزار توالیهای مشابه یا همولوگ را پیدا کند و اطلاعاتی در مورد شباهتهای بین آنها ارائه میدهد این ابزار برای شناسایی ژنهای همولوگ، بررسی شباهت توالی های ژنتیکی و شناسایی نواحی ژنومی مشابه کاربرد دارد. هدف از این پژوهش یافتن گونههای همولوگ و ترادف هایی است که به اندازه کافی با گونههای مورد مطالعه تشابه داشته و دارای اجداد مشترک باشند احتمال همولوگ بودن یک ترادف با ترادف مورد بررسی موضوع مهمی است زیرا رسم درخت فیلوژنی مبتنی بر ترادفهای همولوگ است. فرض اساسی در فیلوژنتیک این است که تمام ترادفهای موجود روی درخت از یک جد مشترک مشتق شده باشند. برای بررسی گونه های همولوگ از نشانگرهای مولکولی ITS و matK در گونه از Centaurea aucheri استفاده شد زیر و با احتساب تکرارها ۲۹ تکرار مورد بررسی قرار گرفت توالی های به دست آمده با مترادفهای موجود در بانک ژن NCBI مقایسه شد. برای این کار توالی های ویرایش شده هر یک از گونهها به کمک الگوریتم BLAST N مورد بررسی قرار گرفت. میزان شباهت توالی ها از ۶۱ تا ۱۰۰ متغیر بود نتایج نشان داد. در مورد شناسایی براساس مورفولوژی با شناسایی مولکولی مطابقت دارد و در ۲۵ مورد نتایج شناسایی مورفولوژیکی با مولکولی مطابقت ندارد. علت این عدم مطابقت میتواند ناشی از دو موضوع باشد یا شناسایی مورفولوژیکی بدرستی صورت نگرفته است و یا به دلیل عدم ثبت توالی در پایگاه های داده، جستجوی BLASTn نتوانسته این گونه را پیدا کند. با در دست داشتن توالی های matk ITS زیر گونه های مورد بررسی ،نزدیکترین ترادفهای مرتبط با آنها از پایگاه DNA و بانک ژن در نهایت گونه ها و شماره دسترسی توالی های انتخابی برای ترسیم همردیفی نهایی و درخت فیلوژنی بدست آمد.

کلیدواژه ها:

BLAST ، NCBI ، همولوگ ، نشانگرهای مولکولی ، Centaurea aucheri