شناسایی بیوانفورماتیکی ژنهای القاء شده در میگوی ژاپنی (Marsupenaeus japonicus) در پاسخ به تزریق dsRNA غیراختصاصی با طول بلند و ارتباط آنها با ایمنی علیه ویروس سندروم لکه سفید (WSSV)

چکیدههدف: توسعه پایدار صنعت میگوی پرورشی در معرض تهدید طیف وسیعی از عوامل بیماریزای مهم از جمله ویروس سندرم لکه سفید (WSSV) قرار دارد که موجب ضررهای اقتصادی شدیدی به این صنعت میشود. هدف از این مطالعه، شناسایی ژنهای افتراقی بیان شده (DEGs) در میگوی کروما یا ژاپنی (Marsupenaeus japonicus) در پاسخ به تزریق dsRNA غیراختصاصی با طول بلند و ارتباط آنها با القای ایمنی علیه بیماری لکه سفید (WSD) بود. مواد و روشها: هشت داده ریزآرایه مربوط به هموسیت میگویهای تزریق شده با PBS و dsRNA غیراختصاصی با طول بلند (از هر گروه ۴ نمونه) در فواصل زمانی ۲۴ و ۴۸ ساعت پس از تزریق، از پایگاه داده GEO با شماره دسترسی GSE۶۱۵۴۱ استخراج و با استفاده از ابزار GEO۲R آنالیز شدند. داده ها پس از نرمالسازی خودکار، به نرم افزار اکسل وارد و ژن های افتراقی بیان شده (DEGs) با P-Value تصحیح شده کمتر از ۰۵/۰ مشخص شدند. ژنهایی با LogFC بزرگتر از ۲ و کوچکتر از ۲- به ترتیب به عنوان ژنهای با بیان بالا و پایین در نظر گرفته شدند. سپس ژن های افتراقی بیان شده مشترک در دو زمان ۲۴ و ۴۸ ساعت پس از تزریق، با استفاده از ابزار VENNY ۲.۰.۲ شناسایی شد. یافتهها: بر اساس تحلیل داده های ریز آرایه، در مجموع ۱۶۰ ژن با بیان افتراقی (شامل ۱۱۱ ژن با بیان بالا و ۴۹ ژن با بیان پایین) در ۲۴ ساعت پس از تزریق dsRNA و ۲۰۶ ژن با بیان افتراقی (شامل ۱۳۸ ژن با بیان بالا و ۶۸ ژن با بیان پایین) در ۴۸ ساعت پس از تزریق شناسایی شدند. تحلیل ژن های افتراقی با استفاده از ابزار VENNY نشان داد که ۷۴ ژن مشترک (شامل ۶۷ ژن با افزایش بیان و ۷ ژن با کاهش بیان) بین دو زمان ۲۴ و ۴۸ ساعت پس از تزریق dsRNA وجود داشت. تزریق dsRNAهای غیراختصاصی با طول بلند توانست موجب القای بسیاری از ژن های مرتبط با ایمنی ذاتی نظیر Ribonuclease T۲، C-type lectin ۲، HSP۹۰، Caspase Nc-like و TRIM۶۴ در پاسخ به WSSV در میگوهای ژاپنی گردد. نتیجهگیری: فعالیتهای مختلف زیستی نظیر تشخیص الگوهای مولکولی مرتبط با عامل بیماری، اتصال، حفظ هموستازی، آپوپتوزیس، کاتالیزوری، انتقال غشایی، چپرونی و RNAi برای ژنهای القاء شده در میگوی ژاپنی در پاسخ به تزریق dsRNA غیراختصاصی با طول بلند پیش بینی شد. شناسایی این ژنها میتواند در جهت یافتن نشانگرهای زیستی مرتبط با بیماری لکه سفید در میگو، تشخیص و یا طراحی مهارکننده علیه آن مفید باشد.

کلیدواژه ها:

ایمنی ذاتی ، تداخل RNA (RNAi) ، ریزآرایه ، میگوی کروما (میگوی ژاپنی) ، ویروس سندروم لکه سفید (WSSV)