ارتباط ترجیح کدونی و میزان بیان ژنهای خانه دار

ترجیح کدونی یا Codon usage bias-CUB به استفاده غیرتصادفی از کدون های مترادف در توالی DNA اطلاق می شود.ژن هایی با بیان بالا میزان اریب کدونی بیشتری نشان می دهند. در پروکاریوتها یک ارتباط منفی بین نرخ جابجایی مترادف کدونی و ترجیح دونی دیده می شود. به طور کلی کدون بهینه نشان دهنده ترکیب نسبی خزانه ژنتیک tRNA وابسته به کدون بهینه است که به درک بهتر ترجمه کمک می کند. در این مطالعه از شاخص سازگاری کدونی (CAI) برای تخمین ترجیح کدونی در 8 ژن پروتئین های ریبوزومی باکتری Xanthomonas axonopodis pv. Citri استفاده شد که مقدار عددی CAI تعیین کننده سطح باین ژن است. نتایج حاصل از اندازه گیری CAI نشان می دهد که این ژن ها به طور دائم در باکتری بیان می شوند و ارتباط مثبتی بین درجه اریب کدونی و سطح بیان در ژن های ریبوزومی این باکتری بیامریزا وجود دارد. همچنین میزان کدونهای با درصد GC بالا در این ژن ها و کل ژنوم باکتری نسبت به کدونهای غنی از AT بیشتر است به طوریکه این مهم در یوکاریوتها برعکس است و ن شان دهنده ی بالاتر بودن سطح تاکمل آنها نسبت به پروکاریوتها است.

کلیدواژه ها:

ترجیح کدونی ، شاخص سازگاری کدونی ، کدون مترادف ، باکتری Xanthomonas axonopodis pv. Citri