بررسی میزان کارآیی روش Real-time PCR با استفاده از دو راهکار رسم منحنی استاندارد و رگرسیون خطی

زمینه و هدف: آنالیز کمی mRNA با استفاده از Real-Time PCR به وسیله روش سایبرگرین به طور وسیعی در مطالعات بیولوژیک کاربرد بسیاری پیدا کرده است. هدف این تحقیق مقایسه کارایی PCR محاسبه شده با استفاده از دو روش شیب خط نمودار استاندارد و نرم افزار LinRegPCR جهت تعیین استراتژی بهتر برای محاسبات کاراییی PCR می باشد. روش بررسی: در این پژوهش پس از خونگیری و استخراج RNA و سنتز cDNA فرآیند qRT-PCR انجام شد. سپس محاسبات PCR Efficiency به دو روش رسم منحنی استاندارد و همچنین با استفاده از نرم افزار LinReg PCR انجام گرفت و در ن هایت این دو روش آنالیز با هم مقایسه شدند. یافته ها: میزان کارآیی PCR محاسبه شده برای سه ژن TGF β, GAPDH و IL-10 با روش منحنی استاندارد به ترتیب 1/99، 1/81 و 1/87 و همچنین با روش استفاده از نرم افزار رایانه ای LinReg PCR کارآیی این سه ژن به ترتیب 1/98، 1/82 و 1/82 به دست آمد. نتیجه گیری: نتایج این تحقیق نشان می دهد که در آنالیز داده های حاصل از تکثیر cDNA میزان کارایی PCR به دست آمده برای سه ژن TGF β, GAPDH و IL-10 با دو روش مختلف منحنی استاندارد و LineRegPCR نتایج تقریباً یکسانی حاصل می شود. بنابراین، توصیه می شود که به جای روش پرهزینه منحنی استاندارد از نرم افزرا LineRegPCR استفاده گردد.

کلیدواژه ها:

، PCR Efficiency ، Real-Time PCR ، نمودار استاندارد (standard curve) ، نرم افزار LinReg PCR ، qRT-PCR ، SYBR® Green