شناسایی نواحی ژنومی تحت انتخاب مثبت در جوجه های گوشتی با استفاده از روش مبتنی بر عدم تعادل پیوستگی ژنی

هدف: شناسایی نشانه­های انتخاب می­تواند دیدگاه­های ارزشمندی در مورد مناطق ژنومی که تحت انتخاب مثبت هستند فراهم کرده و درک بهتری از روابط بین فنوتیپ و ژنوتیپ ارائه کند. در طول چند دهه گذشته، برنامه انتخاب در جوجه­های گوشتی براساس رشد سریع و افزایش بازده غذایی انجام گرفته است. از طرفی این سرعت رشد بالا به علت همبستگی ژنتیکی با افزایش ذخیره چربی بدن، باعث کاهش کیفیت گوشت شده است که متخصصین اصلاح نژاد طیور را با چالش­های جدیدی مواجه کرده است. هدف پژوهش حاضر شناسایی مناطق ژنومی تحت انتخاب مثبت مرتبط با ذخیره چربی بدن در سن هفت هفتگی جوجه های گوشتی با استفاده از روش آماری مبتنی بر عدم تعادل پیوستگی بود. روش پژوهش: بدین منظور تعداد ۴۷۵ قطعه پرنده دو لاین جوجه گوشتی کشور چین در نسل یازدهم که به صورت واگرا هدف انتخاب بودند، با استفاده از یک تراشه ۶۰K تعیین ژنوتیپ شده بودند، استفاده گردید. در مرحله اول شناسایی مناطق ژنومی و ژن­های کاندیدای مرتبط با ذخیره چربی توسط آزمون XP-EHH که مبتنی بر عدم تعادل پیوستگی است به­وسیله نرم افزار Selscan (نسخه ۰/۲) مورد استفاده قرار گرفت. برای تعیین مناطق ژنومی کاندیدای مرتبط با صفت ذخیره چربی بدن یک درصد ارزش بالایی آماره XP-EHH به صورت پنجره های ژنومی ۱۰ نشانگری انتخاب شدند. در نهایت جهت شناسایی ژن های کاندیدای مرتبط با صفت مورد پژوهش و نقش عملکردی آن ها به ترتیب از برنامه BioMart و DAVID استفاده شد. هم چنین برای بررسی وجود QTLهای مرتبط با صفت ذخیره چربی در مناطق ژنومی شناسایی شده از آخرین نسخه منتشرشده پایگاه برخطAnimal genome  استفاده شد. یافته ها: بررسی ژن­های گزارش شده در مناطق کاندیدا نشان داد که در داخل یا مجاورت این نواحی، ژن­های STAB۲، TAPT۱، JDP۲، FNDC۳B، PTPN۱۱، ADIPOR۱ و SLC۴۴A۳ قرار داشتند. بررسی بیوانفورماتیکی این مناطق نشان داد، ژن­های موجود در این مناطق با متابولیسم لیپید، انتقال اسیدهای چرب، گیرنده­های لیپوپروتئین، متابولیسم و هومئوستازی گلوکز مرتبط بودند. با بررسی مناطق ژنومی کاندیدا در پایگاهAnimal genome ، QTL­های مرتبط با وزن چربی محوطه بطنی و وزن چربی لاشه گزارش شده بود. نتیجه گیری کلی: به طور کلی ژن­های متعددی که در نواحی ژنومی شناسایی شده براساس عملکرد می­توانند به عنوان کاندیداهای تحت انتخاب مطرح باشند. به هر حال، بررسی بیش تر ژن­های مرتبط با مناطق ژنومی به دست آمده از مطالعات جستجوی پویش ژنومی ضروری است. نتایج این پژوهش می­تواند در درک ساز و کار ژنتیکی کنترل کننده صفت ذخیره چربی بدن با هدف افزایش وزن همراه با کاهش ذخیره چربی بدنی در طی دوره پرورش جوجه گوشتی مورداستفاده قرار گیرد.

کلیدواژه ها:

چربی بطنی ، ژن کاندیدا ، عدم تعادل پیوستگی ، مرغ ، نشانه های انتخاب