تجزیه و تحلیل بیان برخی از RNAهای طولانی غیرکدکننده در نیشکر رقم CP۷۳-۲۱ در پاسخ به تنش سرما
محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 17، شماره: 1
سال انتشار: 1404
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 200
فایل این مقاله در 24 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-17-1_005
تاریخ نمایه سازی: 30 فروردین 1404
چکیده مقاله:
هدف: نیشکر از جمله مهمترین گیاهان صنعتی مورد استفاده در تولید شکر است که برای تولید ساخت سوخت های زیستی از جمله بیواتانول و برق نیز کاربرد دارد. این گیاه بومی مناطق گرمسیری است و تنش سرما جدی ترین تنش محیطی برای رشد نیشکر محسوب می شود. بر اساس اطلاعات موجود، برخی از RNAهای طولانی غیررمزکننده (RNA طولانی غیرکد کننده) در ایجاد سازگاری نسبت به تنش های محیطی و از جمله سرما نقش به سزایی دارند. مواد و روش ها: در این پژوهش پس از دریافت ژنوم مرجع نیشکر از پایگاه داده ی NCBI و هم ردیفی توالی ها، فراوانی ژن ها با استفاده از نرمافزار RSEM ، تخمین زده شد. سپس به منظور به دست آوردن ژنهای افتراقی از بسته ی نرمافزاری edgeR استفاده شد. در ادامه با استفاده از BLAST ۲go هستیشناسی و طبقهبندی ژن ها به دستههای سلولی، مولکولی و بیولوژیکی انجام شد. نتایج: بر اساس آنالیزهای بیوانفورماتیک تعداد ۱۷۰ ژن در شرایط تنش، بیان افتراقی (DEG) نشان دادند این ژن ها با بهرهگرفتن از چهار شاخص طول توالی، CNCI، CPC۲ و ORF تعداد ۶۴ RNA طولانی غیرکد کننده شناسایی شدند و با در نظر گرفتن مرتبط بودن ژن هدف آن ها با تنش سرما، ارزیابی تغییرات بیان پنج RNA طولانی غیرکد کننده برای رقم CP۷۳-۲۱ صورت گرفت. برای این منظور برگ گیاهچه های هشت هفته ای نیشکر تیمار شده در دمای ۴ درجه سلسیوس بهمدت ۰، ۱۲، ۲۴، ۴۸ ساعت در ۳ تکرار زیستی استفاده و برای اطمینان از تاثیر تنش سرما بر گیاهچه ها، شاخص خسارت فیزیولوژیکی ELI و MDA نیز اندازه گیری شد. میزان به دست آمده هر دو شاخص ELI و MDA در طول زمان روند افزایشی داشت. بر اساس آنالیزهای بیوانفورماتیکی صورت گرفته با edgeR بیان RNA طولانی غیرکد کننده های رمزگذاری شده با اعداد یک، سه و پنج در طی تنش سرما افزایشی و بیان RNA طولانی غیرکد کننده کد چهار و دو کاهشی بود. بررسی میزان بیان نسبی ژن های هدف RNA طولانی غیرکد کننده ها به ترتیب کدگذاری Cpn۶۰، Zipper family gene، WRKY، SAT۱ و CBF برای هر ۵ ژن افزایش نشان داد و به طور کلی افزایش مشاهده شده در طی زمان، روند صعودی در پی داشت. نتیجه گیری: بر اساس تحقیق حاضر می توان نتیجه گرفت که بالا رفتن میزان بیان این ژن ها و RNA طولانی غیرکد کننده مرتبط با آن ها نسبت به گیاه شاهد، می تواند بیانگر افزایش تحمل گیاه نسبت به تنش های دمایی و از جمله تنش سرما باشد.
نویسندگان
فاطمه سعدونی
دانش اموخته کارشناسی ارشد اصلاح نباتات، گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید چمران اهواز، اهواز، ایران.
لیلا نژادصادقی
استادیار، گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید چمران اهواز، اهواز، ایران.
کریم سرخه
دانشیار، گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید چمران اهواز، اهواز، ایران.
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
