شناسایی مناطق ژنومی کاندیدای تحت انتخاب مثبت مرتبط با صفات تولید و تداوم شیردهی در نژادهای مختلف گوسفند
محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 17، شماره: 1
سال انتشار: 1404
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 177
فایل این مقاله در 20 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-17-1_007
تاریخ نمایه سازی: 30 فروردین 1404
چکیده مقاله:
هدف: کل شیر تولیدی و تداوم شیردهی از مهمترین صفات اقتصادی در صنعت پرورش گوسفند می باشد. تداوم شیردهی بصورت توانایی حیوان جهت نگهداشتن تولید در سطح بالا بعد از اوج تولید تعریف می گردد. از طرف دیگر، شناسایی نشانه های انتخاب می تواند دیدگاه های ارزشمندی در مورد مناطق ژنومی که تحت انتخاب مثبت هستند فراهم کند. هدف از این مطالعه، شناسایی مناطق ژنومی تحت انتخاب مثبت و ژن های کاندیدای مرتبط با صفات تولید و تداوم شیردهی در نژادهای گوسفند شیری و غیر شیری از طریق روش های شناسایی ردپای انتخاب بود. مواد و روش ها: در این پژوهش از اطلاعات ژنوتیپی گوسفندان غیر خویشاوند مربوط به گوسفندان نژادهای زندی (۹۶ راس)، کایاس (۳۱۷ راس) و وال دل بیلس (۴۸۱ راس) تعیین ژنوتیپ شده توسط آرایههای۵۰K شرکت ایلومینا استفاده شد. پس از کنترل کیفیت دادههای اولیه تعیین ژنوتیپ شده در برنامه PLINK نهایتا ۳۶۶۰۵ نشانگر SNP و ۸۸۰ راس دام وارد آنالیزهای بعدی شدند. برای شناسایی نواحی ژنومی تحت انتخاب از آزمون آماری برآوردگر نااریب FST (تتا) با کد نویسی در برنامه R استفاده شد. ژن های کاندیدا با استفاده از SNPهایی که در بازه ی ۱/۰ درصد ارزش بالای این آزمون واقع شده بودند، شناسایی شدند. همچنین برای تفسیر بهتر عملکرد ژنهای به دست آمده از پایگاههای اطلاعاتی آنلاینGeneCards و UniProtKB استفاده شد. نتایج: نتایج حاصل از آماره تتا در این پژوهش منجر به شناسایی ده منطقه ژنومی روی کروموزومهای ۱، ۲، ۴، ۶، ۸، ۹، ۱۱، ۱۳، ۱۷ و ۲۰ بودند و در صدک ۹/۹۹ کل ارزش های تتا قرار داشتند. ژن های کاندیدای شناسایی شده مرتبط با صفات تولید و تداوم شیردهی در این مناطق ژنومی شامل ژن های FAIM، CEP۷۰، TLR۴، SLC۳۷A۳ ، KDM۷A، HERC۶، NT۵DC۱، SPIDR، SMOX و RNF۱۴۴B بودند. آنالیز بیوانفورماتیکی نشان داد که مناطق ژنومی شناسایی شده با ژن های موثر بر در تولید شیر، سنتز و تولید چربی شیر، تداوم شیردهی، پاسخ التهابی و سیستم ایمنی بدن همپوشانی دارند. همچنین نتایج حاصل از بررسی QTL نشان داد مناطق ژنومی شناسایی شده با صفات عملکرد تولید، درصد چربی شیر، ترکیب اسیدهای چرب شیر و تداوم شیردهی در مطالعات پیشین همپوشانی دارند. نتیجه گیری: ژنهای متعددی که در نواحی شناسایی شده بر اساس عملکرد میتوانند بعنوان کاندیداهای تحت انتخاب مطرح باشند. به هر حال بررسی بیشتر ژنهای مرتبط با مناطق ژنومی بدست آمده از مطالعات جستجوی پویش ژنومی ضروری است. نتایج این تحقیق میتواند در درک ساز و کار ژنتیکی کنترل کننده صفات تولید شیر با هدف افزایش تولید شیر سالانه از طریق تداوم شیردهی بعد اوج شیردهی در طی یک دوره مورد استفاده قرار گیرد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
حسین محندی
استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران.
امیر حسین خلت آبادی فراهانی
دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
