مقایسه ژنومی نژادهای گوسفند شیری کایاس و فریزارته از نظر شمار سلول های بدنی شیر با استفاده از روش های برآوردگر نااریب FST و hapFLK

از شمار سلول های بدنی به­عنوان روشی غیرمستقیم برای کنترل ورم پستان استفاده می شود. هدف این پژوهش، مقایسه ژنومی دو نژاد گوسفند شیری کایاس و فریزارته از نظر شمار سلول های بدنی شیر بود. برای این منظور از اطلاعات ژنوتیپی ۵۸۷ راس دام با کمترین خویشاوندی و تعیین ژنوتیپ شده با آرایه­های۵۰K  گوسفندی استفاده شد. برای شناسایی مناطق ژنومی از دو آزمون آماری برآوردگر نااریب FST و hapFLK استفاده شد. ژن های کاندیدا با استفاده از SNP­هایی که در بازه ۰۱/۰ درصد ارزش بالای این دو آزمون واقع شده بودند شناسایی شدند. نتایج حاصل از آماره تتا به شناسایی نه ناحیه ژنومی روی کروموزوم­های ۲، ۵، ۷، ۱۰، ۱۱، ۱۳ (دو ناحیه)، ۱۷ و ۲۲ منجر شد. ژن­های کاندیدای شناسایی شده شامل ژن­های IL۱۱RA،CDC۱۶ ،CARD۱۴، BTRC،OTUD۴ ، COL۲۳A۱، LACTB و PRELID۳B بودند و عملکردهای متفاوتی با سیستم ایمنی، پاسخ ایمنی ذاتی، پاسخ التهابی، سرطان و تولید شیر داشتند. نتایج حاصل از آماره hapFLK به شناسایی شش ناحیه ژنومی روی کروموزوم­های ۳، ۴، ۵، ۷، ۱۰ و ۱۳ منجر شد. ژن­های کاندیدای شناسایی شده شامل FAM۴۹A، CDK۶ و DLGAP۵ بودند و عملکردهای متفاوتی در ایمنی ذاتی و انواع سرطان داشتند. با توجه به اینکه تحقیقات اندکی در رابطه با شمار سلول های بدنی شیر در گوسفندان نژاد شیری انجام شده است، نتایج این تحقیق می تواند اطلاعات ارزشمندی در رابطه با شمار سلول های بدنی شیر ارایه دهد. به هر حال، به­منظور درک بهتر ژن های موثر بر این صفت مهم ضروری است پژوهش های گسترده تر با تعداد نمونه های بیشتری انجام شود.

کلیدواژه ها:

آزمون hapFLK ، آماره FST ، ژن کاندیدا ، گوسفند شیری ، ورم پستان