مطالعه مقایسه ای پروفایل بیان ژن و بیان اختصاصی آللی در سه بافت قلب، عضله اسکلتی و طحال خروس های سازگار پرورش یافته در شرایط جغرافیایی کم ارتفاع و مرتفع مبتنی بر پایگاه های با دسترسی آزاد داده های RNA-Seq

پژوهش حاضر به­منظور بررسی مقایسه­ای پروفایل توام بیان ژن و الگوی بیان اختصاصی آللی (ASE) در سه بافت قلب، عضله و طحال خروس­های پرورش­یافته و سازگار به مناطق کم ارتفاع و مرتفع مبتنی بر پایگاه­های داده­های RNA-Seq با دسترسی آزاد انجام شد. بدین منظور، مجموع داده­های ترانسکریپتوم برای ۵۴ خروس در سه بافت مورد اشاره از راه هم­ردیفی و نقشه­یابی خوانش­های خام RNA-Seq روی توالی کل ژنوم مرجع مرغ اهلی با استفاده از نرم افزار TopHat۲ مورد مطالعه قرار گرفت. همچنین، تجزیه و تحلیل بیان افتراقی ژن میان خروس­ها با استفاده از نرم افزار cufflinks،­۲۲۶۰ ژن دارای تفاوت بیان را در دو منطقه جغرافیایی نشان داد (۰۰۰۲/۰P=). شناسایی و یافتن چندشکلی­های تک نوکلئوتیدی (SNP) با استفاده از بسته نرم افزاریSamtools ، به فهرستی شامل تعداد ۴۷۵۹۹۶، ۳۸۸۲۲۴ و ۱۱۶۹۳۹۴ SNP به­ترتیب در بافت­های قلب، عضله و طحال انجامید. پس از انجام آزمون کای اسکوئر، ۴۸۹۰۶ (۳/۱۰%)، ۲۸۵۲۹ (۳/۷%) و ۷۶۲۵۱ (۵/۶%) SNP به­عنوان  ASE-SNP در بافت­های قلب، عضله و طحال مشاهده شدند (۰۵/۰P<). مقایسه پروفایل بیان ژن و ASE-SNPهای کشف شده در سویه­های سازگار با محیط­های پرورشی متفاوت از نظر ارتفاع می­توانند برای شناسایی جهش­های مقاومت در برابر بیماری­های مرتبط با پرورش در محیط­های مختلف مورد استفاده قرار گیرد. در مجموع، نتایج این مطالعه می­تواند روشی موثر و کارآمد و منبع جدید و مطلوبی را برای انتخاب، پیش­روی متخصصان اصلاح نژاد دام و طیور قرار دهد.

کلیدواژه ها:

بیان اختصاصی آللی ، ترانسکریپتوم ، چندشکلی تک نوکلئوتیدی ، خروس