فراتحلیل مطالعات پویش ژنومی بررسی ارتباط نشانگرهای تک نوکلوتیدی با اسیدهای چرب شیر در گاو هلشتاین

سابقه و هدف: شیر گاو به عنوان یکی از منابع غذایی اصلی با طیف وسیعی از ترکیبات مغذی برای انسان ها شناخته می شود. یکی از اجزای کلیدی شیر، اسیدهای چرب هستند که به عنوان اجزای اساسی چربی موجود در شیر شناخته می شوند. این اجزا باعث ایجاد ساختار چربی منحصر به فرد در شیر می شوند. پویش ژنومی با دقت آماری بالا، نقش مهمی در شناسایی جایگاه های علی کاندید موثر در بروز صفات کمی دارد. تعداد زیادی از مطالعات پویش ژنومی در گاو، به ویژه در گاوهای هلشتاین، شرایط مطلوبی را برای ادغام چندین مطالعه مستقل فراهم می کند. با استفاده از روش هایی مانند فراتحلیل، امکان شناسایی دقیق تر جایگاه های مرتبط با صفات کمی اسیدهای چرب شیر در گاوهای هلشتاین فراهم شده است. هدف اصلی این پژوهش، شناسایی دقیق جایگاه های صفات کمی مرتبط با اسیدهای چرب شیر در گاوهای هلشتاین است. برای دستیابی به این هدف، از تکنیک فراتحلیل بهره گرفته شد. این مطالعه می تواند با شناخت بهتر از ساختار ژنتیکی اسیدهای چرب، در بهبود صحت انتخاب های ژنتیکی و بهینه سازی اسیدهای چرب در شیر گاوهای هلشتاین موثر باشد. مواد و روش ها: جستجو برای مجموعه مطالعات پویش ژنومی در گوگل اسکولار با استفاده از کلید واژه های گاوهای هلشتاین، مطالعات پویش ژنومی و اسیدهای چرب شیر انجام شد. مجموعه چند شکلی های تک نوکلئوتیدی بدست آمده برای گاوهای هلشتاین (چینی، دانمارکی و هلندی) از کشورهای مختلف در ۴ مطالعه مستقل از سال ۲۰۱۲ تا ۲۰۱۹ در دسترس بود. از مطالعات قبلی پویش ژنومی، تعداد ۱۵۲۴ چند شکلی تک نوکلئوتیدی مرتبط با اسیدهای چرب شیر در دسترس می باشد. فراتحلیل با استفاده از خلاصه آماری پویش ژنومی (یعنی مقادیر P، اندازه نمونه، اثرات آللی و غیره) در بین گاوهای هلشتاین انجام شد. در مطالعه حاضر، از نرم افزار METAL برای فراتحلیل مدل وزنی امتیاز Z استفاده شد. این روش، چند شکلی های تک نوکلئوتیدی معنی دار را با P کمتر از ۰۵/۰ با هم ترکیب و ارزیابی می کند.یافته ها: این مطالعه، مهمترین چند شکلی های تک نوکلئوتیدی را برای اسیدهای چرب شیر شناسایی کرد، به عنوان مثال، معنی دارترین چندشکلی تک نوکلئوتیدی برای اسید چرب اشباع ۱۶ کربنه C۱۶:۰ شامل rs۱۰۹۴۲۱۳۰۰و rs۱۳۷۳۷۲۷۳۸ به ترتیب با ۱۰۲e-۰۵/۱P= و ۲۳e-۶۲/۶P= بودند. بنابراین این چند شکلی های تک نوکلئوتیدی نقش مهمی در بهبود اسیدهای چرب شیر و کیفیت تولید شیر دارند.نتیجه گیری: در مجموع، نتایج این مطالعه نشان داد که با توجه به سطوح معنی داری بالاتر برای چندشکلی های تک نوکلئوتیدی در مطالعه فراتحلیل در مقایسه با مطالعات پویش ژنومی انفرادی، می توان با صحت بیشتری به شناسایی جایگاه های کمی و چندشکلی های تک نوکلئوتیدی پرداخت. این نوع مطالعات کمک می کند تا درک بهتری از مناطق جایگاه های کمی برای صفات اسیدهای چرب شیر داشته باشیم. بنابراین، شناسایی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی و ژن های مهم با صحت بالاتر می تواند نقش موثری در ارزیابی ژنومی و طراحی برنامه های اصلاح نژادی با هدف بهبود اسیدهای چرب و کیفیت تولید شیر داشته باشد.

کلیدواژه ها:

اسیدهای چرب شیر ، فراتحلیل ، گاوهای هلشتاین ، مطالعات پویش ژنومی