طراحی کیت تشخیص زودرس بیماری سرطان معده براساس بررسی ارتباط بین پلیمورفیسم RNA طویل غیر کد کننده ۱۹H با خطر بروز بیماری

RNA های بلند غیر کدکننده(lncRNAs)، با انواع مختلف سرطان در ارتباط هستند. بیان و عملکرد چندین lncRNA کلیدی تحت تاثیر پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی (SNPs) قرار می گیرد که می توانند به عنوان بیومارکرهای پیشگویی کننده خطر ابتلا به سرطان معده مطرح باشد. این مطالعه ارتباط بین پلی مورفیسم های ۱۹H lncRNA و PVT۱ را با خطر بروز سرطان معده به منظور طراحی کیت تشخیص زودرس بیماری سرطان معده، بررسی خواهد کرد. در یک مطالعه بیمارستانی در اردبیل - منطقه بسیار پرخطر در شمال غرب ایران، ۸۰۰ نمونه خون از ۴۰۰ بیمار سرطان معده و ۴۰۰ فرد سالم برای تعیین ژنوتیپ انتخاب شدند. تعیین ژنوتیپ همه نمونه ها با استفاده از SNP array در قالب پلتفرم Infinium HTS، بر طبق پروتکل استاندارد با استفاده از Illumina Infinium GSA Bead Chip انجام شد. کنترل کیفیت نمونه ها با استفاده از نرم افزارGenome Studio انجام شد. دقت کار بسیار بالا گزارش شد (%۹۹ = Call rate). و سپس طراحی پرایمر به منظور انجام واکنش PCRبرای شناسایی واریانت های مستعدکننده بیماری (براساس نتایج ژنوتایپینگ)، در بیماران انجام شد. یافته ها نشان داد که پلیموفیسم rs۲۱۰۷۴۲۵ از H۱۹ با خطر ابتلا به سرطان معده مرتبط است. ، افراد حامل ژنوتیپ TT از rs۲۱۰۷۴۲۵، در مقایسه با افرادی که ژنوتیپ CC+CT را دارند، درمعرض خطر قابل توجهی برای ابتلا به سرطان معده بودند (OR = ۱.۸۷). به طور جالب مدل تعامل SNP-SNP برای پلی مورفیسم های PVT۱ rs۷۰۱۷۳۸۶ TC-H۱۹ rs۲۱۰۷۴۲۵ TT، با افزایش خطر سرطان معده همراه بود (OR = ۳.۷۳). علاوه براین اثرات متقابلTT H۱۹ rs۲۱۰۷۴۲۵- PVT۱ rs۱۳۲۵۴۹۹۰ CC نیز با افزایش خطر سرطان معده همراه بود .(OR = ۳) در این مطالعه، برهمکنش های جدید SNP-SNP بین PVT۱ وH۱۹ تاثیر بیشتری نسبت به اثرات SNP فردی بر خطر سرطان معده دارند. طبق گزارشات ما، پلیموفیسم rs۲۱۰۷۴۲۵ از H۱۹ و همچنین میانکنش آن با پلیمورفیسم های PVT۱ ممکن است به عنوان بیومارکرهای جدید بالقوه برای سرطان معده مطرح باشند و اطلاعات ارزشمندی را برای طراحی استراتژی های تشخیص زودرس بیماری، در اختیار ما قرار می دهند.

کلیدواژه ها:

SNP ، سرطان معده ، LncRNA ، H۱۹ ، PVT۱ کیت های تشخیصی