شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با صفات کیفی پشم در گوسفندان نژاد پشم ضخیم و ظریف برپایه آماره های نشانه های انتخاب
محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 16، شماره: 3
سال انتشار: 1403
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 124
فایل این مقاله در 22 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-16-3_007
تاریخ نمایه سازی: 6 آذر 1403
چکیده مقاله:
هدف: طی دهههای اخیر تمایل به شناسایی مناطق ژنومی که هدف انتخاب برنامه های اصلاحی در دام های اهلی مانند گوسفند بودهاند رو به افزایش بوده است. شناسایی نشانههای انتخاب میتواند دیدگاههای ارزشمندی در مورد مناطق ژنومی که تحت انتخاب مثبت هستند فراهم کند که به نوبه خود منجر به درک بهتر ارتباط ژنوتیپ با فنوتیپ میشود. هدف از این مطالعه، شناسایی ژن های کاندیدای و مناطق ژنومی تحت انتخاب مثبت مرتبط با صفات کیفی پشم در گوسفند از طریق روش های شناسایی ردپای انتخاب شامل FST و hapFLK میباشد. مواد و روش ها: در این پژوهش اطلاعات ژنوتیپی مربوط به ۱۴۶ راس گوسفندان با حداقل روابط خویشاوندی مربوط به گوسفندان نژادهای زندی و مرینوس تعیین ژنوتیپ شده توسط آرایههای۵۰K شرکت ایلومینا استفاده شد. پس از کنترل کیفیت دادههای اولیه تعیین ژنوتیپ شده در برنامه PLINK نهایتا ۴۶۷۹۳ نشانگر SNP و ۱۴۴ راس دام وارد آنالیزهای بعدی شدند. برای شناسایی نواحی ژنومی تحت انتخاب از دو آزمون آماری برآوردگر نااریب FST (تتا) با کد نویسی در برنامه R و روش hapFLK بوسیله نرمافزارhapFLK نسخه ۴/۱ استفاده شد. ژن های کاندیدا با استفاده از SNPهایی که در بازه ی ۱/۰ درصد ارزش بالای این دو آزمون واقع شده بودند، شناسایی شدند. همچنین برای تفسیر بهتر عملکرد ژنهای به دست آمده از پایگاههای اطلاعاتی آنلاینGeneCards و UniProtKB استفاده شد. نتایج: نتایج حاصل از آماره تتا در این پژوهش منجر به شناسایی هشت منطقه ژنومی روی کروموزومهای ۱ (دو منطقه)، ۲، ۳ (دو منطقه)، ۱۰، ۱۳ و ۱۹ بودند و در صدک ۹/۹۹ کل ارزشهای تتا قرار داشتند. ژنهای کاندیدای شناسایی شده مرتبط با صفات کیفی پشم در این مناطق ژنومی شامل ژنهای POU۱F۱، FGF۱۲، GNAS، LHX۲، TMTC۳، NBEA و MITF بودند. آنالیز بیوانفورماتیکی نشان داد که مناطق ژنومی شناسایی شده با ژنهای موثر بر رشد و توسعه فولیکولهای مو، رشد و توسعه پوست، جعد، تفرق سلولهای اپیتلیال، رنگدانههای پوست و تحریک کلاژن همپوشانی دارند. همچنین نتایج حاصل از آماره hapFLK در این پژوهش منجر به شناسایی چهار منطقه ژنومی روی کروموزومهای ۷، ۱۰، ۱۴ و ۱۹ گردید. ژنهای کاندیدای شناسایی شده شامل DUOX۱، RHPN۲، و LOC۱۰۶۹۹۱۳۷۹ بودند که عملکردهای متفاوتی در بیان ژن کراتینوسیتها و تمایز کلاژنها داشتند. نتیجه گیری: ژنهای گزارش شده در مناطق ژنومی شناسایی شده، براساس عملکرد میتوانند بهعنوان کاندیداهای تحت انتخاب مثبت مطرح باشند. به هر حال بررسی بیشتر ژنهای بدست آمده از طریق مطالعات تکمیلی ضروری است. نتایج این تحقیق میتواند در درک ساز و کار ژنتیکی کنترل کننده صفات کمی و کیفی مرتبط با پشم با هدف افزایش مقدار پشم شستهشده سالانه و کاهش میانگین قطر الیاف و ضریب تغییرات آن مورد استفاده قرار گیرد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
حسین محندی
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران.
امیر حسین خلت آبادی فراهانی
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
