ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

مطالعه پویش کل ژنوم جهت شناسایی جایگاه های ژنتیکی مرتبط با بیماری لکوز در گاوهای هلشتاین ایران

محل انتشار: فصلنامه تولیدات دامی، دوره: 26، شماره: 3
سال انتشار: 1403
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 87

فایل این مقاله در 14 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/2109090

شناسه ملی سند علمی:

JR_JAP-26-3_001

تاریخ نمایه سازی: 13 آبان 1403

چکیده مقاله:

عفونت ویروس لوسمی گاوی (BLV) بیش تر در گله های شیری شیوع داشته و به دلیل محدودیت های تجاری و مرگ ومیر ناشی از لنفوسارکوم باعث ضررهای اقتصادی مستقیم می شود که هم چنین با کاهش تولید شیر و افزایش نرخ حذف نیز مرتبط می باشد.  هدف از این پژوهش، مطالعه پویش کل ژنوم (GWAS) برای شناسایی مناطق ژنومی و ژن های کاندیدا مرتبط با عفونت به BLV بود. این مطالعه با استفاده از گاوهای هلشتاین ایران که به طور طبیعی به BLV آلوده شده بودند، انجام گرفت. بدین منظور از ۱۵۰ راس گاو هلشتاین در یکی از گاوداری های صنعتی اصفهان، نمونه خون جمع آوری و از آن ها استخراج DNA و سرم انجام گردید. سپس نمونه های DNA آماده شده با استفاده از تراشه های k۳۰ (SNPchip۳۰k) (توسط شرکت ایلومینا) تعیین ژنوتیپ شدند. کنترل کیفیت نشانگرهای تعیین ژنوتیپ شده براساس شاخص های فراوانی آلل نادر (۰۵/۰ PMAF <)، ژنوتیپ از دست رفته (۰۵/۰PMIND >)، نرخ تعیین ژنوتیپ (۰۵/۰PGENO>) و تعادل هاردی-واینبرگ (۶-۱۰×۱PH-W <) توسط نرم افزار PLINK انجام شد. بعد از آنالیز کنترل کیفیت ۱۴۵ راس گاو (۷۷ بیمار و ۶۸ شاهد) و ۲۲۸۶۸ نشانگر برای ادامه آنالیز باقی ماند. پس از انجام آنالیز پویش ژنوم در برنامه PLINK در نهایت هشت نشانگر بالاتر از حد آستانه معنی داری، شناخته شدند که بیش ترین نشانگرهای معنی دار در کروموزوم های ۱۷ و ۲۱ قرار داشتند. با بررسی بیوانفورماتیکی مناطق ژنومی معنی دار با استفاده از پایگاه های برخط ensemble و genecards، ژن های مرتبط با نشانگرهای معنی دار انتخاب شده، شناسایی شدند که مهم ترین آن ها GRK۴، TP۵۳BP۱، SCAPER، GLRB، PDGFC، TNIP۲، PSTPIP۱، CEP۳۵۰، MR۱، TOM۱L۲، SREBF۱، COPS و TNFRS۱۳B بود.

کلیدواژه ها:

نویسندگان

فرناز ارجمند کرمانی

گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران. رایانامه: arjmand.farnaz@ut.ac.ir

حسین مرادی شهربابک

نویسنده مسئول، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران. رایانامه: hmoradis@ut.ac.ir

محمد مرادی شهربابک

گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران. رایانامه: moradim@ut.ac.ir

حسین محمدی

گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران. رایانامه: h-mohammadi۶۴@araku.ac.ir

مهدی جوان نیکخواه

گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، پردیس بین المللی ارس، دانشگاه تهران، جلفا، ایران. رایانامه: javannikkhah@yahoo.com

یونس دوستی

گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران. رایانامه: y.devisty@ut.ac.ir

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Abdalla, E. A., Peñagaricano, F., Byrem, T. M., Weigel, K. ...
  • Abdullahi Arpanahi, R., Pakdel, A., & Zandi Bagche Mariam, M. ...
  • Badour, K., Zhang, J., Shi, F., McGavin, M. K., Rampersad, ...
  • Blasiak, J., Szczepańska, J., Sobczuk, A., Fila, M., & Pawlowska, ...
  • Brym, P., Bojarojć-Nosowicz, B., Oleński, K., Hering, D. M., Ruść, ...
  • Carignano, H. A., Roldan, D. L., Beribe, M. J., Raschia, ...
  • Carlson, G. (۲۰۰۲). Diseases of the hematopoietic and hemolymphatic systems. ...
  • Chen, Q. Z., Yang, M. Y., Liu, X. Q., Zhang, ...
  • Falini, B., Martino, G., & Lazzi, S. (۲۰۲۲). A comparison ...
  • Gao, Y., Jiang, J., Yang, S., Cao, J., Han, B., ...
  • Girirajan, S., Hauck, P. M., Williams, S., Vlangos, C. N., ...
  • Goddard, M. E., & Hayes, B. J. (۲۰۰۹). Mapping genes ...
  • Goldfinch, N. G. (۲۰۱۰). Characterisation of mucosal associated invariant T-cells ...
  • González-Rodríguez, A., Munilla, S., Mouresan, E. F., Cañas-Álvarez, J. J., ...
  • Hemmatzadeh, F., & Momtaz, H. (۲۰۰۷). Detection of bovine Leukemia ...
  • Kim, E. S., Sonstegard, T. S., & Rothschild, M. F. ...
  • Kościuczuk, E. M., Lisowski, P., Jarczak, J., Krzyżewski, J., Zwierzchowski, ...
  • Liu, D., Chen, Z., Zhao, W., Guo, L., Sun, H., ...
  • Lou, Y., & Huang, Z. (۲۰۲۰). microRNA‑۱۵a‑۵p participates in sepsis ...
  • Malchiodi, F., Brito, L. F., Schenkel, F. S., Christen, A. ...
  • Mekata, H., & Yamamoto, M. (۲۰۲۲). Single-Nucleotide Polymorphism on Spermatogenesis ...
  • Meuwissen, T. H., Hayes, B. J., & Goddard, M. (۲۰۰۱). ...
  • Mohammadi, V., Atyabi, N., & Nikbakht, B. G. (۲۰۱۱). Seroprevalence ...
  • Nafikov, R. A., Schoonmaker, J. P., Korn, K. T., Noack, ...
  • Pierce, K. D., Handford, C. A., Morris, R., Vafa, B., ...
  • Purcell, S., Neale, B., Todd-Brown, K., Thomas, L., Ferreira, M. ...
  • Radostits, O. M., Gay, C. C., Blood, D. C., & ...
  • Radostits, O. M., Gay, C. C., Hinchcliff, K. W., & ...
  • Reginald, J. (۱۹۹۹). Bovine Leukemia Virus. Current Veterinary therapy (Food ...
  • Reigstad, L. J., Varhaug, J. E., & Lillehaug, J. R. ...
  • Sahana, G., Guldbrandtsen, B., Thomsen, B., Holm, L. E., Panitz, ...
  • Saifi Abad Shapouri, M. (۲۰۰۵). Viral diseases of cattle. Author: ...
  • Salzer, U., Bacchelli, C., Buckridge, S., Pan-Hammarström, Q., Jennings, S., ...
  • Sender, G., Korwin-Kossakowska, A., Pawlik, A., Hameed, K. G. A., ...
  • Soares, R. A. N., Vargas, G., Duffield, T., Schenkel, F., ...
  • Soupene, E., & Kuypers, F. A. (۲۰۱۹). ACBD۶ protein controls ...
  • Taghizadeh, S., Gholizadeh, M., Moradi, M. H., Costilla, R., Moore, ...
  • Takeshima, S. N., Sasaki, S., Meripet, P., Sugimoto, Y., & ...
  • Taye, M., Kim, J., Yoon, S. H., Lee, W., Hanotte, ...
  • Teo, Y. Y., Fry, A. E., Clark, T. G., Tai, ...
  • Zhao, J., Liu, Z., Liu, T., Nilsson, S., & Nistér, ...
    • نمایش کامل مراجع