استفاده از اطلاعات تعاملات پروتئین ها و اُنتولوژی ژن در بازسازی شبکه های تنظیم کننده ژنی

شبکه ی تنظیم کننده ی ژنی مجموعه ای از ژن ها می باشند که با هم و با مواد دیگر در سلول تعامل دارند و به این وسیله نرخ رونویسی ژن ها به mRNA کنترل می شود. میکروآرایه های DNA بیان هزاران ژن را به صورت همزمان اندازه گیری می ک نند. تکنیک های مختلفی برای مدلسازی شبکه های ژنی با استفاده از داده های بیان ژن میکروآرایه ارائه شده اند. با این وجود استفاده از فقط داده های میکروآرایه برای تخمین صحیح این شبکه ها کافی نیست، لذا روش هائی برای استفاده از انواع دیگر اطلاعات بیولوژیکی به همراه داده های میکروآرایه به منظور بهبود نتایج مدلسازی ارائه شده اند. در این مقاله، علاوه بر داده های میکروآرایه دو نوع دان بیولوژیکی دیگر (تعاملات پروتئین ها و آنتولوژی ژن) نیز در بازسازی شبکه های ژنتیکی با استفاده از شبکه ی بیژین به کار گرفته شده اند. مقایسه ی ارتباطات حاصل از پیاده سازی این روش روی 84 ژن مخمر، با ارتباطات شناخته شده ی موجود در پایگاه داده ی KEGG نشان می دهد که با استفاده از ترکیب سه منبع اطلاعاتی، صحت از 62% به 76% بهبود می یابد.

کلیدواژه ها:

آنتولوژی ژن ، تعاملات پروتئین ها ، داده های سری زمانی میکروآرایه ، شبکه ی بیزین ، شبکه های تنظیم کننده ی ژنتیکی