محاسبه پارامترهای ترمودینامیکی INN در پیش‌بینی ساختار دوم توالی RNA با استفاده از مدل رگرسیونی مضاعف و شبکه عصبی مصنوعی
محل انتشار: اولین همایش ملی دانشجویی بیوتکنولوژی
سال انتشار: 1391
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 939
نسخه کامل این مقاله ارائه نشده است و در دسترس نمی باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
NSCBIO01_102
تاریخ نمایه سازی: 30 فروردین 1392
چکیده مقاله:
تعیین ساختار دوم توالی مولکول‌های RNA در مسائل بیوانفورماتیک، علاوه بر تفسیر عملکرد و واکنش‌پذیری RNA، در تحلیل ساختار سوم مولکول RNA نیز کاربرد دارد. در این مقاله، ساختار دوم توالی RNA به روش کمترین انرژی آزاد با مدل نزدیکترین همسایه (INN) ارائه شد. برای محاسبه پارامترهای ترمودینامیکی این روش، دو برنامه جداگانه با استفاده از نرم‌افزار MATLAB نوشته شد. در یکی از برنامه‌ها از مدل رگرسیون خطی مضاعف و در برنامه دیگر از شبکه عصبی مصنوعی پرسپترون دو لایه برای محاسبه پارامترها استفاده شد. برای آزمایش برنامه‌ها، مقادیر انرژی 200 توالی کوتاه نوکلئوتیدی به عنوان نمونه از پایگاه داده بیوانفورماتیک NTDB استخراج شد و برای ورودی برنامه ها مورد استفاده قرار گرفت. پارامترهای ترمودینامیکی به دست آمده از این دو روش به عنوان مقادیر ورودی یک شبکه عصبی پس انتشار (back-propagation) به سیستم معرفی شدند. نتایج تست نشان داد که داده های مدل شبکه پرسپترون نسبت به مدل رگرسیونی به خط با شیب 1 نزدیکتر بوده و مقدار R2 برای آنها بیشتر از مدل رگرسیونی است. همچنین، به دلیل زیاد بودن تعداد پارامترها و ناکافی بودن تعداد داده‌ها در بعضی از حالات، الگوریتم شبکه پرسپترون، نتایج مطلوب تری را نشان داد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
کیوان آصف پور وکیلیان
دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه اگروتکنولوژی، دانشگاه تهران
مجتبی محمودیان
دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه تولیدات گیاهی، دانشگاه تهران