آنالیز فیلوژنتیک ژن مقاومت به بیماری (R gene) کد کننده پروتئین NBS-LRR در خرما Elaeis guineensis با استفاده از تکنیک AFLP in silico

مطالعات انجام شده بر روی ژن مقاومت به بیماری (R genes) در گیاهان تک لپه و دولپه نشان داده که اکثر این ژنها حاوی دومینهای جایگاه leucin_ rich repeat LRR و Nucleotide Binding site NBS می باشند. چندین ژن مقاومت همولوگ RGHs از این خانواده ژنی از گیاهان مختلف گونه های برنج، ذرت، سویا، سیب زمینی، آرابیدوپسیس، گندم و گوجه فرنگی و حتی گیاهان چند ساله ای مانند سیب و اخیرا خرما جداسازی شده است. ژن مقاومتی که از گونه های مختلف استخراج شده منشا مقاومت به ویروسها باکتری ها، قارچها و حتی حشرات و نماتودها می باشد. این موتیفهای به شدت محافظت شده گزینه مناسبی جهت بررسی و شناسایی R gene در گونه های مختلف گیاهی و بررسی نوع مقاومت آنها می باشند.به منظور بررسی روابط فیلوژنتیکی این ژن درگونه ها و ژنهای Lycopersicon hirsutum clone PK12_340 RGA marker sequence ,Arabidopsis lyrata cultivar و 24 Oryza sativa for XA و 1 Elaeis guineensis RGHs sequence و in silico AFLP آنالیز RPM1 (RPM1) gene, RPM1-lyr allel NBS/LRR disease resistance protein بر روی توالی های کد کننده (cDNA) انجام شد. با استفاده از نرم افزار بیوانفورماتیک CLC Main Workbench6.6.2 Evaluation توالی های (cDNA) این ژن با استفاده از دو آنزیم برشی NdeII , BamHI هضم شدند انتخاب این دو آنزیم خاص به دلیل مشترک بودن جایگاه برش این آنزیمها در تمام ژنهای مورد مطالعه، داشتن بیشترین جایگاه برشی بر روی این توالیها و عدم تداخل آنها در برش جایگاههای یکدیگر بود. پس از برش همه توالی های (cDNA) پروفیل قطعات حاصل از برش ژنهای گروه R این گونه ها با 2 آنزیم برشی NdeII , BamHI ترسیم شد. پروفایل قطعات حاصل شامل یک باند مشترک با اندازه ای حدود 340 جفت باز در تمام گونه های مورد بررسی مشاهده شد. همچنین درخت فیلوژنتیکی حاصل از این آنالیز با استفاده از روش حداکثر درشت نمایی و الگوریتم neighbor joining، گونه های مورد مطالعه را از نظر قرابت در مورد این ژن به خصوص در 3 کلاستر قرار داد.

کلیدواژه ها:

ژن مقاومت به بیماری LRR ، clc main workbench ، RGHs