ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

شناسایی ژن های نامزد دخیل در تحمل به خشکی ارزن دم روباهی با استفاده از رویکرد متاآنالیز تلفیقی

محل انتشار: دوفصلنامه مهندسی ژنتیک و ایمنی زیستی، دوره: 11، شماره: 1
سال انتشار: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 439

فایل این مقاله در 17 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/1617728

شناسه ملی سند علمی:

JR_GEB-11-1_003

تاریخ نمایه سازی: 15 اسفند 1401

چکیده مقاله:

تنش خشکی یکی از مهمترین عوامل محدود کننده تولید در بخش کشاورزی است. استفاده از گیاهان جایگزین متحمل به خشکی با کارآیی مصرف آب بالا از اهمیت به سزایی برخوردار است. ارزن دم روباهی (Setaria italicaL.) یکی از غلات مهم غذایی و علوفه­ ای متحمل به خشکی در مناطق خشک و نیمه خشک است. در این مطالعه، QTLهای شناسایی شده در شرایط آبیاری معمول و تنش خشکی، از مقالات مختلف گردآوری و روی نقشه ژنتیکی تلفیقی کروموزوم های ارزن مکان یابی شدند. از مجموع هشت مطالعه مستقل، تعداد ۳۸۶ QTL مرتبط با صفات ارتفاع گیاه، کارایی مصرف آب، زیست توده، طول ریشه و طول پانیکول در ارزن دم روباهی جمع آوری شد. در شرایط آبیاری عادی و تنش خشکی به ترتیب تعداد ۲۸۷ و ۹۶ ناحیه QTL جمع آوری شد و روی نقشه مرجع ژنتیکی قرار گرفتند. متاآنالیز QTLها با استفاده از نرم افزار  BioMercator در نسخه ۲/۴ صورت گرفت. در مجموع تعداد ۳۲ ناحیه متا QTL (MQTL) روی نه کروموزوم ارزن دم روباهی شناسایی شد که به طور میانگین فاصله اطمینان نواحی MQTL به نسبت ۴/۳ برابر کم تر از فاصله اطمینان QTLهای اولیه در مجموع صفات مورد بررسی بود. به منظور بررسی الگوی بیان ژن​ها در نواحی MQTL، داده ​های ریزآرایه و RNA-seq موجود در پایگاه داده​ها مورد آنالیز قرار گرفتند. از این بین تعداد ۹۵ و ۲۱۷۲ ژن دارای بیان افتراقی در شرایط خشکی به ترتیب در چهار ناحیه MQTL با CI کمتر از یک میلیون جفت باز و در تمام مناطق MQTLها شناسایی شدند. در آنالیز "هاب" تعداد هشت ژن کلیدی شناسایی شد که جزو گروه عوامل تنظیمی و فاکتورهای رونویسی بودند. امید است نتایج این مطالعه بتواند در راستای گزینش مبتنی بر نشانگر (MAS) و استفاده در برنامه های به نژادی ارزن دم روباهی با هدف معرفی ژنوتیپ های برتر متحمل به خشکی مورد استفاده قرار گیرد.

کلیدواژه ها:

نویسندگان

فاطمه لونی

Department of Plant Production and Genetic Engineering, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, Iran.

احمد اسماعیلی*

Department of Plant Production and Genetic Engineering, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, Iran.

زهرا سادات شبر

Department of Systems Biology, Agricultural Biotechnology Research Institute of Iran (ABRII), Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran

بابک ناخدا

Agricultural Biotechnology Research Institute of Iran (ABRII), Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran

هادی درزی رامندی

Agricultural Biotechnology Research Institute of Iran (ABRII), Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Aghtape, A. A., Ghanbari, A., Sirousmehr, A., Siahsar, B., Asgharipour, ...
  • Almeida, G. D., Makumbi, D., Magorokosho, C., Nair, S., Borem, ...
  • Arcade, A., Labourdette, A., Falque, M., Mangin, B., Chardon, F., ...
  • Bennetzen, J. L., Schmutz, J., Wang, H., Percifield, R., Hawkins, ...
  • Bhat, S., Nandini, C., Srinathareddy, S., & Jayarame, G. ۲۰۱۹. ...
  • Bidinger, F., Nepolean, T., Hash, C., Yadav, R., & Howarth, ...
  • Chardon, F., Virlon, B., Moreau, L., Falque, M., Joets, J., ...
  • Chen, G., Krugman, T., Fahima, T., Chen, K., Hu, Y., ...
  • Chen, L., An, Y., Li, Y.-x., Li, C., Shi, Y., ...
  • Darvasi, A., & Soller, M. ۱۹۹۷. A simple method to ...
  • Daryani, P., Darzi Ramandi, H., Dezhsetan, S., Mirdar Mansuri, R., ...
  • De Veylder, L., Beeckman, T., Beemster, G. T., de Almeida ...
  • Del Pozo, J. C., Diaz-Trivino, S., Cisneros, N., & Gutierrez, ...
  • Diao, X. ۲۰۰۵. Advances in foxtail millet biotechnology and its ...
  • Doust, A. N., Kellogg, E. A., Devos, K. M., & ...
  • Ellsworth, P. Z., Feldman, M. J., Baxter, I., & Cousins, ...
  • Fang, X., Dong, K., Wang, X., Liu, T., He, J., ...
  • Feldman, M. J., Ellsworth, P. Z., Fahlgren, N., Gehan, M. ...
  • Feldman, M. J., Paul, R. E., Banan, D., Barrett, J. ...
  • Fuller, D. Q. ۲۰۰۶. A Millet Atlas: Some Identification Guidance. ...
  • Ghasemi,. A, Arfania,. A. ۲۰۲۱. The effect of drought stress ...
  • Ghasemi,. A, Khaze,. M,. Fanai,. H. ۲۰۱۹. The effect of ...
  • Gholipour, Ghasem., Parmon, Ebadi., A. ۲۰۱۶. Components of different genotypes ...
  • Heidari, M., Shobbar, Z.-S., Koobaz, P., & Heydari, M. J. ...
  • Hu, H., Mauro-Herrera, M., & Doust, A. N. ۲۰۱۸. Domestication ...
  • Hu, S.-P., Hua, Y., Zou, G.-H., Liu, H.-Y., Liu, G.-L., ...
  • Jung, H. J., Kim, M. K., & Kang, H. ۲۰۱۳. ...
  • Khahani, B., Tavakol, E., & Shariati, V. ۲۰۱۹. Genome-wide meta-analysis ...
  • khorasani S ., Aalami, M. ۲۰۱۹. Millet: Forgotten grain-A valuable ...
  • Koh, H.-J., Kwon, S.-Y., & Thomson, M. ۲۰۱۵. Current technologies ...
  • Kour, D., Rana, K. L., Yadav, A. N., Sheikh, I., ...
  • Kuromori, T., Sugimoto, E., & Shinozaki, K. ۲۰۱۱. Arabidopsis mutants ...
  • Langdale, J. A. ۲۰۱۱. C۴ cycles: past, present, and future ...
  • Lata, C., Gupta, S., & Prasad, M. ۲۰۱۳. Foxtail millet: ...
  • Lata, C., Jha, S., Dixit, V., Sreenivasulu, N., & Prasad, ...
  • Lata, C., Sahu, P. P., & Prasad, M. ۲۰۱۰. Comparative ...
  • Liu, T., He, J., Dong, K., Wang, X., Wang, W., ...
  • Liu, X., Tang, S., Jia, G., Schnable, J. C., Su, ...
  • Mashayekhi, S, Khajoeinejad. GH, Mohammadinejad, Gh. ۲۰۱۶. Evaluation of Yield ...
  • Mauro-Herrera, M., & Doust, A. N. ۲۰۱۶. Development and genetic ...
  • Messmer, R., Fracheboud, Y., Bänziger, M., Vargas, M., Stamp, P., ...
  • Mirdar Mansuri, R., Shobbar, Z.-S., Babaeian Jelodar, N., Ghaffari, M., ...
  • Monteros, M. ۲۰۰۶. Identification and confirmation of QTL conditioning drought ...
  • Muthamilarasan, M., Khan, Y., Jaishankar, J., Shweta, S., Lata, C., ...
  • Nakashima, K., Tran, L. S. P., Van Nguyen, D., Fujita, ...
  • Noorollahi, H,. Shariati, V. ۲۰۱۴. Meta-QTL analysis for grain related ...
  • Pinto, R. S., Reynolds, M. P., Mathews, K. L., McIntyre, ...
  • Qi, X., Xie, S., Liu, Y., Yi, F., & Yu, ...
  • Qie, L., Jia, G., Zhang, W., Schnable, J., Shang, Z., ...
  • Quraishi, U. M., Murat, F., Abrouk, M., Pont, C., Confolent, ...
  • Rai, A.N., Mandliya, T., Kulkarni, P., Rao, M. and Suprasanna, ...
  • Sachdev, N., Goomer, S., & Singh, L. R. ۲۰۲۱. Foxtail ...
  • Sanchez, A., Subudhi, P., Rosenow, D., & Nguyen, H. ۲۰۰۲. ...
  • Sarshad, A., Talei, D., Torabi, M., Rafiei, F. and Nejatkhah, ...
  • Sebastian, J., Yee, M.-C., Viana, W. G., Rellán-Álvarez, R., Feldman, ...
  • Shi, W., Cheng, J., Wen, X., Wang, J., Shi, G., ...
  • Song, S.-Y., Chen, Y., Chen, J., Dai, X.-Y., & Zhang, ...
  • Swamy, B. M., Vikram, P., Dixit, S., Ahmed, H., & ...
  • Tang, S., Li, L., Wang, Y., Chen, Q., Zhang, W., ...
  • Upadhyaya, H., Sharma, S., Gowda, C., Reddy, V. G., & ...
  • Varshney, R. K., Shi, C., Thudi, M., Mariac, C., Wallace, ...
  • Venuprasad, R., Dalid, C., Del Valle, M., Zhao, D., Espiritu, ...
  • Verkest, A., Abeel, T., Heyndrickx, K. S., Van Leene, J., ...
  • Visscher, P. M., & Goddard, M. E. ۲۰۰۴. Prediction of ...
  • Wu, X.-L., & Hu, Z.-L. ۲۰۱۲. Meta-analysis of QTL mapping ...
  • XU, B.-q., GAO, X.-l., GAO, J.-f., Jing, L., Pu, Y., ...
  • Yi, F., Chen, J., & Yu, J. ۲۰۱۵. Global analysis ...
  • Yu, T.-F., Zhao, W.-Y., Fu, J.-D., Liu, Y.-W., Chen, M., ...
  • Zhang, J., Liu, T., Fu, J., Zhu, Y., Jia, J., ...
  • Zhang, Q., Zhao, Y., Zhang, J., Li, X., Ma, F., ...
  • Zheng, Y., Ding, Y., Sun, X., Xie, S., Wang, D., ...
  • Zhu, X.-G., Long, S. P., & Ort, D. R. ۲۰۰۸. ...
    • نمایش کامل مراجع