شناسایی نشانگرهای مولکولی ریز ماهواره در گیاه زعفران (.crocus sativus L) با استفاده از داده های RNA-Seq
سال انتشار: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 311
فایل این مقاله در 13 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_SAFRON-10-2_004
تاریخ نمایه سازی: 15 اسفند 1401
چکیده مقاله:
زعفران ارزشمندترین گیاه ادویهای و دارویی جهان است. به نژادی زعفران به دلیل اطلاعات اندک از ساختار ژنوم آن با مشکلات زیادی همراه است. از این رو، دست یابی به اطلاعات ژنتیکی این گیاه از اهمیت بسیاری برای برنامه های به نژادی سنتی و مولکولی آن برخوردار می باشد. نشانگرهای مولکولی به ویژه نشانگرهای قدرتمند هم بارزی همانند نشانگرهای ریزماهواره (SSRs) جایگاه مهمی در برنامه های به نژادی دارند. در پژوهش حاضر برای اولین بار نشانگرهای ریزماهواره ی SSR بنه گیاه زعفران از ترانسکریپتوم بنه تحت تاثیر بیماری قارچی Fusarium oxysporum استخراج شدند. در این راستا پس از استخراج RNA، توالی یابی بر اساس چارچوب فنی Novaseq۶۰۰۰ انجام شد. یکپارچهسازی نوپدید با بهره گیری از نرم افزار Trinity صورت گرفت و برای شناسایی SSRها از ابزار جستجوی MISA استفاده شد. بر اساس نتایج این مطالعه، از ۳۵۷۰۲۸ رونوشت شناسایی شده، تعداد ۷۰۰۶۰ رونوشت دربرگیرنده ی توالی SSR بودند. همچنین از مجموع ۸۹۸۸۸ SSR شناسایی شده، تکرارهای ۱ و ۲ نوکلئوتیدی بیشترین فراوانی (۵۰% و ۲۶%) را به خود اختصاص دادند. بر اساس نتایج حاصل از الگوریتم BLAST، بیشترین میزان شباهت رونوشت های حاوی SSRها با برنج و آرابیدوپسیس به دست آمد. در مجموع از میان یونی ژن ها، تعداد ۱۸۸۴۶، ۲۳۹۸۸ و ۱۰۹۶۹ به ترتیب در پایگاه های داده ی UNIPROT، Nr و GO شناسایی شدند که تعداد ۱۰۳۷۵ یونی ژن در بین همه ی پایگاه ها مشترک بود. به دلیل اهمیت این گیاه در ایران به عنوان یک محصول راهبردی، توسعه نشانگرهای هم بارز با چندشکلی بالا مانند نشانگرهای SSR، برای بررسی تنوع ژنتیکی، ساخت نقشه های ژنتیکی، تجزیه و تحلیل پیوستگی و نقشه یابی QTLs در برنامه های به-نژادی این گیاه مهم خواهد بود.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
علی درویشیان
دانشجوی دکتری اصلاح نباتات، ژنتیک مولکولی و مهندسی ژنتیک، گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه لرستان، خرم آباد، ایران
فرهاد نظریان فیروزآبادی
فرهاد نظریان فیروزآبادی، استاد گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه لرستان، خرم آباد، ایران
مصطفی درویش نیا
دانشیار گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه لرستان، خرم آباد، ایران
احمد اسماعیلی
استاد گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه لرستان، خرم آباد، ایران
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :