شناسایی و مطالعه in silico ناحیه پروموتری خانواده ژنی پلی آمین اکسیدازPAO در کلزا (Brassica napus L.)

پلی آمین اکسیدازها (PAO) آنزیم های وابسته به فلاوین آدنین دی نوکلئوتید هستند که در کاتابولیسم پلی آمین ها در پراکسی زوم، آپوپلاست سیتوپلاسم نقش دارند. گزارشهای متعددی در زمینه اهمیت ژنهای PAO گیاهان در پاسخ به تنش ها ارائه شده است اما تاکنون مطالعه جامعی در مورد تعداد، روابط تکاملی و ساختار ژنی ، ژنهای PAO در کلزا انجام نشده است . در مطالعه حاضر با استفاده از روشهای بیوانفورماتیکی ، توالی پروتئینی خانواده PAO جهت شناسایی پروتئین های هومولوگ در بانک اطلاعاتی اختصاصی ژنوم کلزا بررسی و ۳۱ ژن شناسایی شد. این ژنها از نظر تعداد آمینواسید، وزن مولکولی و pI باهم تفاوت دارند. طول پروتئین های این خانواده از ۴۰۸ تا ۵۹۰ اسیدآمینه وزن مولکولی آنها از ۹۸۵,۴۵ تا ۶۱۲,۶۴ کیلودالتون و دامنه نقطه ایزوالکتریک پروتئین ها از ۹۳,۴ تا ۱۳,۹ متغیر بود.. مکانیابی پروتئین ها BnPAO مشخص کرد که این پروتئین ها در آپوپلاست ، سیتوپلاسم و پراکسی زوم فعال هستند. برای درک سازوکار تنظیم رونویسی ژنهای BnPAO جست وجوی عناصر cis به تنش ها و هورمونها در ناحیه ۵ ,۱ کیلو باز بالادست این ژنها توالی های مربوط به ناحیه پرموتری مورد بررسی قرارگرفت . نتیجه این تجزیه و تحلیل شناسایی ۶۰ نوع مختلف از عنصر تنظیمی cis پاسخ به تنش ها و هورمونها در ناحیه پیش بر این خانواده بود که از نظر کارکرد به ۷ گروه تقسیم شدند که هر گروه کارکردهای متفاوتی در ناحیه پیش بر ژنهای خانواده BnPAO نقش دارند. وجود چندین عنصر تنظیمی cis پاسخ به تنش ها و هورمونها در پیش بر این ژنها دلالت بر نقش احتمالی آنها در پاسخ به تنش ها دارد.

کلیدواژه ها:

آنالیزهای بیوانفورماتیکی ، پلی آمین ، پلی آمین اکسیداز ، عناصر تنظیمی ، فیلوژنتیک