پیش بینی میکرو RNA های موثر بر مسیر گیرنده های فعال کننده تکثیر پراکسیزوم (PPARs) در مرغ گوشتی

کاهش چربی محوطه شکمی از اهداف مهم اصلاح نژاد طیور گوشتی است. مسیر گیرنده های فعال کننده تکثیر پراکسیزوم (PPARs) نقش مهمی در تجمع چربی ایفا می کند. این مسیر شامل گروهی از پروتئین های گیرنده هسته ای هستند که نقش اساسی در تکثیر، تمایز سلولی و متابولیسم دارند. بنابراین، شناسایی هر چه بهتر ژن های دخیل بر این مسیر اهمیت دارد. این تحقیق به منظور پیش بینی میکرو RNA های موثر بر مسیر گیرنده های فعال کننده تکثیر پراکسیزوم با هدف کاهش تجمع چربی در مرغ گوشتی انجام شد. پس از دریافت فایل ژنوم رفرنس مرغ (GRCg۶a) از پایگاه داده Ensemble و وارد نمودن آن در پایگاه اطلاعاتی KEGG، تعداد ۶۸ ژن دخیل در مسیر سیگنالینگ PPAR شناسایی شد. سپس شبکه ژنی با استفاده از پایگاه داده استرینگ ترسیم شد. علاوه بر این، تجزیه و تحلیل شبکه برهمکنش پروتئینی با استفاده از نرم افزار سایتواسکیپ انجام گردید. بر اساس شاخص های مرکزیت (شامل مرکزیت درجه، بینابینی و نزدیکی) ارائه شده توسط نرم فزار سایتواسکیپ ژن های ACOX۱، PPARA ،LPL،FABP۳ ،CPT۱A ،EHHADH ، SCD و PPARGC۱ به عنوان تاثیرگذار ترین ژن های مسیر سیگنالینگ PPAR انتخاب گردیدند و با استفاده از پایگاه های داده miRBase و Targetscan، میکرو RNA های متناظر با این ژنها شناسایی شدند. در نهایت، پیش بینی ژن هدف و رسم شبکه میانکنش پروتئین- میکروRNA توسط پایگاه داده Mirnet انجام شد. نتایج نشان داد میکرو RNA ی gga-mir-۱۷۵۹-۳p بر سه ژن CPT۱A، LPL و PPARGC۱A تاثیرگذار است. شاید با بکارگیری این میکرو RNA بتوان میزان تجمع چربی را در طیور گوشتی کاهش داد. 

کلیدواژه ها:

مسیر PPAR ، چربی ، مرغ گوشتی ، میکرو RNA