ارزیابی روشهای مبتنی بر واکنش زنجیره ای پلی مراز polymerase chain reaction (PCR) برای شناسائی و ردیابی پکتوباکتریوم های عامل پوسیدگی نرم سیب زمینی در شمال غرب ایران

باکتری های متنوعی موجب پوسیدگی نرم در سیب زمینی می شوند که از میان آنها باکتری های متعلق به خانواده Enterobacteriaceae گسترش جهانی داشته و منجمله در مناطق مختلف کشور موجب خسارت فراوان می شوند. مطالعات قبلی صورت گرفته در خصوص جداسازی باکتری های متعلق به این خانواده از مزارع و بذور سیب زمینی در مناطق مختلف شمال غرب کشور و شناسایی آنها بر اساس آزمونهای بیوشیمیایی، بیانگر وجود تنوع زیاد بین آنها بوده است بطوریکه بعضا شناسایی دقیق آنها در حد گونه، بر اساس آزمونهای معمول بیوشیمیایی امکان پذیر نیست. لذا این بررسی با هدف شناسایی جدایه ها با پرایمرهای اختصاصی آغاز گردید و در ادامه امکان استفاده از این پرایمرها برای ردیابی باکتریهای بیماریزا مورد ارزیابی قرار گرفت. بدین منظور 33 جدایه که در مطالعات قبلی از خاک مزارع و بذور سیب زمینی در مناطق مختلف استانهای های آذربایجان شرقی، کردستان وزنجان جداسازی و از نظر خصوصیات بیوشیمیائی به باکتریهای (Pa) Pectobactrium atrosepticumو Pectobactrium carotovorum subsp carotovorum (Pcc)و Dickeya chrysanthemi(Dch) شبیه بودند مورد مطالعه بیشتر قرار گرفتند. جدایه های استاندارد نیز جهت مقایسه به کارگرفته شدند. DNA کلیه جدایه ها استخراج گردید و در آزمونهای متعدد و جداگانه با جفت پرایمرهای F2/R3، Y1/Y2، Expccf/Expccr، Eca1f/Eca2r، ADE1/ADE2مورد تکثیر قرار گرفت. نتایج نشان داد که تمامی ایزوله های حاضر توانستند با استفاده ازجفت پرایمرعمومیF2/R3 جهت ردیابی خانواده Enterobacteriaceae باند مدنظر را تکثیر نمایند. سپس پرایمرهای Y1/Y2آزمون گردید که از 33 ایزوله تنها 4ایزوله (2 ایزوله استاندارد و2 جدایه داخلی) ردیابی شده بودند. بعد ازآن آزمون جفت پرایمر ExpccF/ExpccR صورت گرفت که به جز 2 جدایه استاندارد هیچ کدام از جدایه های Pcc ایرانی نتوانستند با این پرایمر ردیابی شوند. سپس کارایی جفت پرایمر Eca1F/Eca2Rبررسی شد که باز هم قادر به ردیابی جدایه های ایرانی Pca نبود و نهایتا جفت پرایمر ADE1/ADE2نیز نتوانست در شناسایی جدایه های Dch موفق عمل نماید. تمامی نتایج حاصله نشان داد که پرایمر های اختصاصی معرفی شده جهت ردیابی پکتوباکتریوم های عامل پوسیدگی نرم سیب زمینی شمال غرب ایران دقت عمل نداشته و برای شناسایی وردیابی این جدایه ها به بررسی های بیشتر ودقیق تری نیاز است

کلیدواژه ها:

پوسیدگی نرم سیب زمینی ، ردیابی ، پکتوباکتریوم