سرهم بندی ترنسکریپتوم و شناسایی نشانگرهای EST-SSR در زعفران

گیاهCrocus sativus ، گیاهی تریپلویید است که به روش رویشی با استفاده از بنه تکثیر می­شود. به دلیل تولید مثل غیرجنسی، تفرق صفات و تنوع ژنتیکی در این گیاه با محدودیت مواجه است. نشانگرهای EST-SRR مزایایی از جمله هم­غالبیت، اختصیاصیت برای لوکوس خاص و پلی­مورفیسم بالا نسبت به نشانگرهای دیگر دارند. با توجه به دردسترس بودن داده­های ترنسکریپتوم، امکان شناسایی نشانگرهای EST-SSR برای مطالعات پلی­مورفیسم در گیاه زعفران وجود دارد. جهت توسعه نشانگرهای EST-SSR، داده­های RNA-Seq گیاه زعفران از NCBI دریافت شدند. سپس کنترل کیفیت و پیرایش داده­ها به ترتیب توسط ابزارهای FastQC و Trimmomatic انجام گرفت. با استفاده از این داده­ها و ابزار RNA-Bloom، سرهم­بندی ترنسکریپتوم انجام گرفت. ابزار CD-HIT-EST برای حذف ترنسکریپت­های مشابه و تکراری استفاده شد. کیفیت ترنسکریپتوم با استفاده از BUSCO مورد ارزیابی قرار گرفت و درصد ترنسکریپت­های کامل، حدود ۹۰ درصد به دست آمد. پس از دستیابی به ترنسکریپتوم با کیفیت در زعفران، از نرم­افزار MISA برای شناسایی EST-SSR ها در ترنسکریپتوم استفاده شد. طراحی آغازگر با استفاده از نرم­افزار Primer۳ برای توالی­های EST-SSR، انجام شد. تعداد ۳۵۴۵۹ توالی SSR شناسایی شدند و آغازگر برای آن­ها طراحی گردید. از تعداد ۱۰ جفت آغازگر که برای تکثیر PCR روی DNA زعفران انتخاب شدند، ۷ جفت آغازگر در اندازه پیش­بینی شده تکثیر شدند که نشان از کارایی ۷۰ درصدی نشانگر دارد. نشانگرهای EST-SSR شناسایی شده در این پژوهش در مطالعات ژنتیکی زعفران می­توانند مورد استفاده قرار گیرند.

کلیدواژه ها:

بیوانفورماتیک ، تنوع ژنتیکی ، ترنسکریپتوم ، EST-SSR