پیشگویی بیوانفورماتیکی ژن های غیرکدکننده مرتبط با ژن های مسیر تمایز اکتودرمی FGF۸، NOG و BMP۴ موشی و ترسیم شبکه ارتباطی آن ها

مقدمه: lncRNAها و miRNAها دسته ای از RNAهای غیرکدکننده هستند که نقش و عملکردهای مهمی در تنظیم بیان ژن ها و فرایندهای اصلی بیولوژیکی ازجمله تکثیر سلولی، آپوپتوز و تمایز دارند. lncRNAها می توانند به طور بالقوه روی miRNAها، در جهت همسو و یا معکوس بر فعالیتشان تاثیر بگذارند تا از این طریق، نقش تنظیم کنندگی آن ها را تعدیل کنند. در این مطالعه، شبکه های ژنی mRNA-miRNA-lncRNA با استفاده از برنامه های آنلاین برای سه مارکر مسیر اکتودرمی (BMP۴,NOG,FGF۸) در سلول های بنیادی جنینی موشی ترسیم شد. مواد و روش ها: این مطالعه از نوع تئوریکال بیوانفورماتیکی است و micRNAهای هدف ژن های BMP۴، NOG و FGF۸ توسط پایگاه های داده ای MirWalk و TARGETSCAN استخراج و بررسی گردید تا درنهایت، بتوان miRNAهای مشترک این ۳ ژن را تهیه کرد؛ سپس از پایگاه داده ای DIANA-Tools، lncRNAهای هدف برای miRNAهای مشترک به دست آمد. یافته ها: ژن های mmu-miR-۹۲a-۲-۵p، mmu-miR-۱۲۹b-۵p، mmu-miR-۱۳۰b-۵p، mmu-miR-۶۹۲، mmu-miR-۷۰۰۹-۳P، mmu-miR-۷۱۱۶-۳p و mmu-miR-۷۶۸۹-۳p ممکن است بر فعالیت lncRNA های Kcnq۱ot۱، Gm۲۶۸۱۲، Gm۴۱۱۷، Gm۱۱۸۳۷.۴۹۳۰۴۲۳MO۲Rik، Malat۱، Gm۱۲۵۹۴، Gm۳۴۱۴.۵۸۳۰۴۴۴B۰۴Rik، Gm۲۴۶۴ و NEAT۱ اثر بگذارند. بحث و نتیجه گیری: با توجه به ارتباط متقابل lncRNA، miRNA و mRNA، مطالعه ما یک نقش جدید از lncRNAها را برای تحقیقات آینده و مطالعات تجربی درباره مسیر تمایز اکتودرمی و سازوکار های مولکولی فراهم می کند.  

کلیدواژه ها:

Bioinformatics ، Biological system ، BM۴ ، Ectoderm ، FGF۸ ، Non-coding RNAs ، بیوانفورماتیک ، سامانه بیولوژی ، BMP۴ ، FGF۸ اکتودرم ، RNAهای غیرکدکننده