توالی یابی و آنالیز بیوانفورماتیکی ژن کاپا کازئین در جمعیت بزهای خلخالی ایران و سایر دام های اهلی

در سال های اخیر به طور عمده چند شکلی های ژنتیک پروتئین شیر مورد توجه و تحقیق بیشتری بوده است. زیرا بین پروتئین شیر و صفات اقتصادی مهم در دام رابطه مستقیم وجود دارد. کاپا کازئین به عنوان عمده ترین پروتئین موجود در شیر نقش مهمی در شکل گیری میسل های موجود شیر و کمک به افزایش حلالیت کلسیم و فسفر ایفا می کند، از این رو این مطالعه با هدف و رویکرد بررسی ژنتیکی و فیلوژنتیکی ناحیه اگزون ۴ ژن کاپا کازئین با روش توالی یابی در جمعیت بز خلخالی و مقایسه آن با سایر گونه ها انجام گرفت. نتایج حاصل از توالی های منجر به شناسایی یک جهش در نمونه های توالی یابی شده گردید که باعث تغییر نوکلئوتید C به T در جایگاه اگزون چهار ژن کاپا کازئین گردید که منجر به تغییر کدون CCT به TCT می شود و باعث جایگزینی اسید آمینه پرولین به جای سرین می شود. آنالیز تنوع ژنتیکی در جمعیت بز خلخالی ۵۲۴/۰ به دست آمدکه نشان دهنده تنوع ژنتیکی نسبتا مناسب می باشد. مقایسه توالی های جمعیت خلخالی با گونه های مختلف مانند بز، گاو ، گوسفند و گاو میش منجر به شناسایی ۴۱ جهش شد که ایجاد ۲۹ هاپلوتایپ مختلف با تنوع هاپلوتایپی ۸۳۳/۰ در گونه های مورد مطالعه می کند. تنوع نوکلئوتیدی و میانگین تفاوت نوکلئوتیدی (k) در بین گونه ها نیز به ترتیب برابر ۰۴۴۶۹/۰ و ۷۵۴۳۶/ ۱۱ به دست آمد.

کلیدواژه ها:

تنوع نوکلئوتیدی ، توالی یابی ، چند شکلی تک نوکلئوتیدی ، کاپا کازئین ، هاپلوتیپ