مطالعه ترانسکریپتوم ریشه گندم (.Triticum aestivum L) به منظور شناسایی miRNA های دخیل در پاسخ به تنش همزمان خشکی و شوری

به دلیل تغییرات آب و هوایی جهانی، وقوع همزمان تنش های خشکی و شوری بیشتر شده و سبب کاهش چشمگیر عملکردگندم (.Triticum aestivum L) به عنوان یک گیاه راهبردی، گردیده است. این پژوهش با هدف مطالعه ترانسکریپتوم گیاه گندمبرای شناسایی miRNA های احتمالی دخیل در پاسخ به تنش همزمان خشکی و شوری انجام شد. داده های سهکتابخانه Expressed Sequenced Tags از بافت ریشه گیاه گندم در شرایط بدون تنش، تنش خشکی و تنش شوری موردواکاوی قرار گرفت. پیش پردازش، هم گذاری و دسته بندی توالی های EST و واکاوی بیان ژنها در هر سه کتابخانه انجام شد.پس از نرمال سازی داده های بیان، فراواکاوی داده ها با بکارگیری روش naive انجام گرفت. بر این اساس، ۱۶۵ ژن با بیانافتراقی (DEGs) شناسایی شد. در مرحله بعد، توالی های کانتیگ تمام DEGs ها برای جستجوی miRNA های احتمالی موردارزیابی قرار گرفت. سپس ژن (های) هدف miRNA (های) شناسایی شده در بین DEGs تعیین شد. نتایج نشان داد که بیانmiRNA۲۹۲۵ در پاسخ به هر دو تنش خشکی و شوری کاهش و بیان ژن هدف شناسایی شده برای این miRNA یعنی ژن N-acetylserotonin O-methyltransferase (ASMT۱) افزایش پیدا کرده است. ژن ASMT۱ نقشی اساسی در بیوسنتز ملاتونینبه عنوان یک تنظیمگر اصلی فرآیندها و پاسخهای گیاهی دارد. از این رو، به نظر میرسد miRNA۲۹۲۵ نقش بالقوه و مهمیدر پاسخ به تنش های خشکی و شوری در گندم بر عهده داشته باشد.

کلیدواژه ها:

ژنومیکس ، تنش غیرزیستی ، فراواکاوی ، ملاتونین