شناسایی کل ریزماهواره ها در ژنوم شترهای دو کوهانه ایرانی با استفاده از داده های توالی یابی کل ژنوم

شترهای دوکوهانه یکی از مقاومترین گونه های حیوانی در برابر شرایط سخت محیطی به شمار می روند که تعداد آنها در ایران در محدوده خطر قرار گرفته است. شناخت هر چه بهتر و دقیق تر این گونه، به خصوص در سطح مطالعات ژنومی، می تواند از طریق طراحی برنامه های مدیریت تنوع ژنتیکی، به حفظ این گونه کمک کند. هدف از انجام این مطالعه شناسایی ریزماهواره­های ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی با استفاده از داده­های توالی­یابی کل ژنوم بود. در مطالعه حاضر از تعداد شش نفر شتر دوکوهانه متعلق به استان اردبیل خون­گیری صورت گرفت. توالی­یابی کامل ژنوم شترهای دوکوهانه با استفاده از پلتفرم ایلومینا و به صورت دو انتها (Paired-end) با اندازه ۱۰۰ جفت باز از هر طرف انجام شد. بعد از پالایش کیفی خوانش ها، گردآوری از نو آنها صورت گرفته و با استفاده از برنامه MISA به شناسایی تمام ریزماهواره­های ژنوم های مورد مطالعه پرداخته شد. اندازه ژنوم های گردآوری شده برای شترهای دو­کوهانه مورد مطالعه، در محدوده Gb ۹۰/۱ برای نمونه یک تا Gb ۹۷/۱ برای نمونه سه قرار داشت. مقدار N۵۰ مربوط به کانتیگ­های ایجاد شده برای شترهای دو­کوهانه ایرانی از kb ۱/۱۹ برای نمونه یک تا kb ۷/۵۱ برای نمونه پنج متغیر بود. ریزماهواره­های شناسایی شده در اندازه یک تا هشت نوکلئوتید بودند. کل ریزماهواره­های شناسایی شده برای نمونه­های شترهای دو­کوهانه ایرانی در محدوده ۱۳۶۰۲۸ برای نمونه دو تا ۵۳۹۵۵۵ برای نمونه سه قرار داشت. همچنین با شناسایی ریزماهواره های هفت گونه پستاندار دیگر در این مطالعه، به مقایسه نتایج به دست آمده آنها با شتر دوکوهانه ایرانی پرداخته شد.

کلیدواژه ها:

ایران ، توالی یابی کل ژنوم ، ریزماهواره ، شتر دو کوهانه