بررسی اثر مهاری و ضد التهابی مشتقات جدید ایمیدازولی بر آنزیم COX-۲

آنزیم سیکلواکسیژناز (COX)، آنزیمی دو عملکردی است که دارای دو ایزوفرم COX-۱ و COX-۲ می باشد. این آنزیم یک پروتئین غشایی اینتگرال هومودایمر و عرض غشایی است که هر زیرواحد آن از سه دومین تشکیل شده است: دومین فاکتور رشد اپیدرمی، دومین اتصال غشایی و دومین کاتالیتیک که محل جایگاه فعال آنزیم است. با توجه به مشارکت آنزیم COX-۲ در التهاب، مهار این آنزیم تبدیل به هدف مطلوبی برای محققان شده است. هدف در این پروژه بررسی اثر مهاری ۵ مشتق جدید ایمیدازولی است. جهت بررسی بهینه بودن اتصال مهارکننده ها با آنزیم COX-۲ (با در نظر گرفتن انرژی اتصال) فرایند داکینگ مولکولی با استفاده از نرم افزار Autodock Vina انجام شد و بهترین پوز اتصالی مهارکننده با آنزیم به عنوان ورودی مرحله شبیه سازی استفاده شد. شبیه سازی دینامیک مولکولی (MD) با استفاده از نرم افزار گرومکس ۲۰۱۸ و با استفاده از کد ۵ikr برای تمامی کمپلکس های مهارکننده و COX-۲ انجام شد. پس از تعادل رسانی تمامی سیستم ها در هنگرد NPT مرحله تولید به مدت ۱۲۰نانوثانیه انجام شد. آنالیز MM-PBSA برای تخمین انرژی آزاد اتصال در ۴۰ نانوثانیه آخر انجام شد. با بررسی نتایج به دست آمده مشخص شد سهم انرژی های واندروالس و الکترواستاتیک در انرژی آزاد اتصال بیشتر از سایر انرژی هاست. به علاوه دو ترکیب که کمترین انرژی اتصال را داشتند یعنی (-۱۲۹/۲۶۴ kcal/mol) ۵c و (-۱۴۷/۶۸۹ kcal/mol ) ۵eبرای مرحله سنتز انتخاب شدند. به علاوه میانگین ) RMSD انحراف جذر میانگین مربع) به عنوان معیاری برای ارزیابی ثبات کمپلکس ها، برای ترکیب ۵c، ۰/۱۸۹۰آنگستروم و ۵e، ۰/۱۸۲۱ آنگستروم بود که کمترین میزان انحراف نسبت به ساختار مرجع را در میان ترکیبات داشتند. در نتیجه با توجه به آنالیزهای انجام شده، دو ترکیب ۵c و ۵e مهارکننده های مطلوب تری برای آنزیم COX-۲ قلمداد و برای مرحله سنتز انتخاب شدند.

کلیدواژه ها:

التهاب ، داکینگ مولکولی ، شبیه سازی دینامیک مولکولی ، آنالیز MM-PBSA