Publisher of Iranian Journals and Conference Proceedings

Please waite ..
ناشر تخصصی کنفرانسهای ایران
ورود |عضویت رایگان |راهنمای سایت |عضویت کتابخانه ها
عنوان
مقاله

مقایسه ابزارهای بیوانفورماتیکی برای تشخیص تغییر تعداد نسخه (CNV) بر اساس توالییابی کامل اگزون ها

سال انتشار: 1399
کد COI مقاله: BIOCONF21_0365
زبان مقاله: فارسیمشاهده این مقاله: 76
نسخه کامل این مقاله ارائه نشده است و در دسترس نمی باشد

مشخصات نویسندگان مقاله مقایسه ابزارهای بیوانفورماتیکی برای تشخیص تغییر تعداد نسخه (CNV) بر اساس توالییابی کامل اگزون ها

عباسعلی امام جمعه - گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران،آزمایشگاه بیوتکنولوژی محاسباتی و بیوانفورماتیک، گروه بیوانفورماتیک، دانشکده علوم پایه، دانشگاه زابل، زابل، ایران
زهرا غلامی - دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران

چکیده مقاله:

تغییر تعداد نسخه، نوعی تنوع ساختاری است، که منجر به افزایش و کاهش توالی DNA به طول kb۱ تا چندین مگا جفت باز میشود. این نوع تنوع میتواند منجر به تغییر در دز ژن، توالیهای کد کننده و تنظیم بیان ژن و نشانگرهای زیستی پیش بینی کننده مهم در سرطانها شود. از روشهای هیبریداسیون ژنومی مقایسهای، آرایه های SNP و اشکال مختلف توالی نسل بعدی (NGS)، مانند توالی سازی ژنوم کل (WGS) و توالی کل اگزونها (WES) ، برای شناساییCNA در سطح آزمایشگاهی استفاده شده است. استفاده از دادهای WES به دلیل اینکه فقط مناطق کد کننده پروتئین را در ژنوم شامل میشود، علت پوشش بالا و هزینه نسبتا کم در سنجشهای بالینی مفید واقع شده اند. سیگنالهای ناخواسته مرتبط با دادهای WES که ناشی از شناسایی اگزونها میباشد و آلودگیهایی که توسط بافتهای مورد نظر ایجاد میشود، تخمین CNA را پیچیده میکند. استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی برای تخمین دقیق CNA داده های مرتبط با WES میتواند مفید واقع شود. در این پژوهش هفت ابزار بیوانفورماتیکی برای شناسایی ExomeCNV, ) CNV ( CoNIFER, VarScan۲, CODEX, ngCGH, saasCNV, and falcon با استفاده از داده های توالی کل-اگزوم از ۴۱۹ جفت نمونه تومورسرطان پستان که از اطلس سرطان ژنوم بدست آمده بود، مورد مطالعه قرار گرفتند. SaasCNV بیشترین میزان افزایش و کاهش ۶۵/۰) )، حساسیت ( ۶۹/۴ ) و اختصاصیت ( ۸۹/۱) را برای برآورد افزایش یا کاهش تعداد نسخه نشان داد. در نهایت برای بهبود شناسایی CNV ایجاد نرم افزارهایی جهت شناسایی CNV در گیاهان عالی، در باکتریها، ارائه نرم افزاری که میزان حساسیت، دقت و صحت بالایی داشته باشد را میتوان پیشنهاد نمود. ایجاد الگوریتمی برای پیشبینی و شناسایی CNV بدون نیاز داشتن به نمونه کنترل، استفاده از روشهای ترکیبی یادگیری ماشین برای تولید نرم افزارهای قویتر برای شناسایی دقیق CNV نیز میتواند مفید باشد، همچنین ایجاد نرم افزاری که هم از داده های توالی ژنوم کل (WGS) و توالی کل اگزونها (WES) پیشنهاد میگردد.

کلیدواژه ها:

کد مقاله/لینک ثابت به این مقاله

کد یکتای اختصاصی (COI) این مقاله در پایگاه سیویلیکا BIOCONF21_0365 میباشد و برای لینک دهی به این مقاله می توانید از لینک زیر استفاده نمایید. این لینک همیشه ثابت است و به عنوان سند ثبت مقاله در مرجع سیویلیکا مورد استفاده قرار میگیرد:

https://civilica.com/doc/1260335/

نحوه استناد به مقاله:

در صورتی که می خواهید در اثر پژوهشی خود به این مقاله ارجاع دهید، به سادگی می توانید از عبارت زیر در بخش منابع و مراجع استفاده نمایید:
امام جمعه، عباسعلی و غلامی، زهرا،1399،مقایسه ابزارهای بیوانفورماتیکی برای تشخیص تغییر تعداد نسخه (CNV) بر اساس توالییابی کامل اگزون ها،بیست و یکمین کنگره ملی و نهمین کنگره بین المللی زیست شناسی ایران،https://civilica.com/doc/1260335

در داخل متن نیز هر جا که به عبارت و یا دستاوردی از این مقاله اشاره شود پس از ذکر مطلب، در داخل پارانتز، مشخصات زیر نوشته می شود.
برای بار اول: (1399، امام جمعه، عباسعلی؛ زهرا غلامی)
برای بار دوم به بعد: (1399، امام جمعه؛ غلامی)
برای آشنایی کامل با نحوه مرجع نویسی لطفا بخش راهنمای سیویلیکا (مرجع دهی) را ملاحظه نمایید.

مدیریت اطلاعات پژوهشی

صدور گواهی نمایه سازی | گزارش اشکال مقاله | من نویسنده این مقاله هستم

اطلاعات استنادی این مقاله را به نرم افزارهای مدیریت اطلاعات علمی و استنادی ارسال نمایید و در تحقیقات خود از آن استفاده نمایید.

علم سنجی و رتبه بندی مقاله

مشخصات مرکز تولید کننده این مقاله به صورت زیر است:
نوع مرکز: دانشگاه دولتی
تعداد مقالات: 7,180
در بخش علم سنجی پایگاه سیویلیکا می توانید رتبه بندی علمی مراکز دانشگاهی و پژوهشی کشور را بر اساس آمار مقالات نمایه شده مشاهده نمایید.

مقالات مرتبط جدید

به اشتراک گذاری این صفحه

اطلاعات بیشتر درباره COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.

پشتیبانی