مطالعه بیوانفورماتیکی ساختاری نحوه اتصال ترکیبات سنتز شده جدید از مشتقات کرومن به فیبریلهای آمیلوئید بتا

آمیلوئیدها مرتبط با آسیب شناسی انواعی از بیماریهای شناخته شده تحت عنوان آمیلوئیدوز هستند. از جمله این بیماریها بیماری آلزایمر است که در آن پپتیدهای آمیلوئید بتا خارج از سلولهای مغز به یکدیگر متصل شده و فیبریلهای آمیلوئید بتا را ایجاد میکنند. تیوفلاوین تی یک شناساگر رایج فیبریلهای آمیلوئیدی است که به واسطه اتصال به آنها، افزایش نشر فلورسانس را نشان میدهد. استفاده از تیوفلاوین تی به علت معایبی مانند خاموشی فلورسانس در غلظتهای بالا، بار مثبت آن و در نتیجه عدم عبور از سد خونی-مغزی محدودیت دارد. به منظور شناسایی پروبهای جدید جهت تشخیص فیبریل های آمیلوئیدی، مشتقات کرومن مورد بررسی قرار گرفت. به منظور انجام مطالعات بیوانفورماتیکی، ابتدا ساختار دوبعدی و سهبعدی ترکیبات در نرم افزار ChemDraw و بسته ابزار Chem Office تهیه شد. بهینهسازی و کمینهسازی نهایی ترکیبات در نرم افزار Avogadro انجام شد. فایل مختصات فیبریلهای آمیلوئید بتا از مرکز داده پروتئین با کد ۲beg تهیه شد. فیبریلهای آمیلوئید بتا به عنوان پذیرنده و ترکیبات به عنوان لیگاند در نظر گرفته شدند. از نرم افزار MGL برای تهیه فایلهای مختصات حاوی اطلاعات مربوط به بارها و چرخش های فعال استفاده شد. فضای جستجو بر روی پروتئین برای انطباق با لیگاند، تمام فضای در دسترس پروتئین انتخاب شد. تهیه نقشه انرژتیک از اتمهای لیگاند در فضای جستجو، با استفاده از نرم افزار Auto Grid ۴ انجام شد. در نهایت، با استفاده از نرم افزار Auto Dock ۴.۲ ساختار محتملترین برهمکنش پروتئین-لیگاند به واسطه انرژی پایین تر با در مجموع ۱۰۰ بار تکرار جستجو، از الگوریتم ژنتیک لامارک بدست آمد. مطالعات بیوانفورماتیک محل اتصال ترکیبات جدید به فیبریل های آمیلوئید بتا را مشابه محل اتصال تیوفلاوین تی به آنها، ناحیه کانال فیبریلها نشان میدهد. با توجه به مکانیسم پروب تیوفلاوین تی در جهت شناسایی ترکیبات آمیلوئیدی، مشابهت اتصال این ترکیبات و همچنین به دست آمدن ضریب اتصالی بهتر آنها نسبت به رنگ مبنا میتواند نوید داشتن ترکیباتی با اختصاصیت بیشتر و عملکرد بهتر نسبت به رنگ مبنا را به ما بدهد.

کلیدواژه ها:

آمیلوئید بتا ، تیوفلاوین تی ، شناساگر فلورسنت ، شناسایی آمیلوئید