شناسایی عامل پاخوره گندم و سایر زیرگونه های ‭Gaeumannomyces graminis ‬با استفاده از واکنش زنجیره پلیمراز ‭((PCR‬

بیماری پاخوره گندم که توسط قارچ ‭(Ggt) Gaeumannomyces graminis var. tritici ‬ایجاد می شود، بیماری مهمی با پراکندگی جهانی است که به ریشه و طوقه گندم، جو را آلوده می نماید. تحقیقات گسترده روی پاخوره گندم منجر به تولید حجم وسیعی از اطلاعات در کلیه جنبه های بیماری گردیده است. جنس ‭Gaeumannomyces ‬دارای 7 گونه است. گونه ‭G. graminis ‬غلات و سایر گراس ها را آلوده می نماید و باعث ایجاد پاخوره گندم و زوال چمن می گردد. دراین گونه بر اساس، دامنه میزبانی، بیماری زایی، اندازه آسکوسپور و نوع هیفوپودیوم، چهار زیرگونه شناسایی شده است‭: G. graminis var. tritici‬، ‭G. graminis var. avenae‬، ‭G. graminis var. graminis ‬و ‭G. graminis var. maydis . ‬استفاده از مشخصات مورفولوژیکی مثل ساختمان های قارچی در گذشته کمک زیادی به تشخیص گونه و زیرگونه های ‭Gaeumannomyces ‬نموده است ولیکن محدودیت هایی نیز در استفاده از مشخصات مورفولوژیکی وجود دارد. مثلا پریتسیوم در طبیعت به ندرت تشکیل و یا در آزمایشگاه و تولیدآن همیشه موفقیت آمیز نیست. اندازه آسکوسپور در بین برخی از زیر گونه ها نظیر ‭G. graminis var. tritici ‬و ‭G. graminis var. avenae ‬دارای همپوشانی است. در این بررسی علاوه بر مشخصات مورفولوژیکی از روش مولکولی بر اساس ژنوم ریبوزومی و آغازگرهای اختصاصی جهت شناسایی زیرگونه و گونه های ‭G. graminis ‬استفاده گردید. جهت انجام این تحقیق از اوایل بهار تا اوایل تابستان ‮‭1388-1391‬ از گیاهان گرامینه و گراس های در بعضی مزارع گندم استان فارس و سایر مناطق نمونه برداری انجام گرفت. قارچ های مشکوک به ‭G. graminis ‬جداسازی و خالص گردید. نتایج آزمایش های بیماری زایی نشان داد، جدایه ها روی گندم پس از 4 هفته آلودگی ایجاد کردند و جدایه های‭MA‬1 ،‭MA‬2، ‭MA‬3، روی گندم کمی بیماریزا و ‭MA‬4 و T‮‭59‬ روی برنج ‭Lolium sp. ‬و مرغ بیماریزا بودند. ولی جدایه های ‭MA‬1 ،‭MA‬2 ، ‭MA‬3 روی گراس ها بیماری زا هستند و باعث لکه مردگی بهاره چمن می گردند. این جدایه ها که فقط گندم را آلوده نمودند، دارای پریتسیوم و هیفوپودیوم ساده اند. در حالی که جدایه های ‭MA‬4 و T‮‭59‬ پریتسیوم تولید نکردند و هیفوپودیوم آنها نیز لوب دار بود. جدایه های‭MA‬1 ،‭MA‬2 ، ‭MA‬3 دارای هیفوپودیوم ساده بودند و فیالید آنها ساده و تک سلولی می باشند. به منظور تطابق روش مورفولوژیکی با روش مولکولی از دو جفت آغازگر اختصاصی ‭Ggt-RP ‬، ‭Ns‬5 و ‭Ggt Brev ‬، ‭Ggtfwd GgtARev‬2 جهت شناسایی این قارچ ها استفاده گردید. آغازگرهای ‭Ggt-RP NS‬5 واریته های ‭Ggg ‬را از ‭Ggt ‬تفکیک نمود و مشخص گردید ‮‭14‬ جدایه مربوط به ‭Ggt ‬است. این آغازگرها قادر به شناسایی قارچ ‭Ggt ‬در گیاه آلوده نیز بودند. با استفاده از آغازگرهای ‭Ggt Brev : Ggtfwd : GgtARev‬2 مشخص شد جدایه های ‭Ggt ‬متعلق به تیپ ‭A ‬می باشد. نواحی توالی ‭ITS ‬سایر جدایه هایی که با آغازگرهای اختصاصی شناسایی نشده بودند با آغازگرهای عمومی تکثیر شد. این آغازگرها قطعه ای به اندازه تقریبی ‮‭600‬ جفت باز را در جدایه های ‭G. graminis ‬تکثیر که پس از خالص سازی، تعیین توالی گردید. توالی های ناحیه ‭ITS - r DNA‬، با سایر آرایه های موجود در بانک ژن از طریق سامانه ‭NCBI‬، مقایسه گردید. جدایه های ‭MA‬4 و T‮‭59‬ ، دارای ‮‭98-100‬ % تشابه با ‭G. graminis var. graminis ‬بودند. بر اساس نتایج این بررسی، این اولین گزارش از وقوع ‭Ggg ‬روی گندم و چمن در ایران می باشد. کلمات کلیدی:پاخوره، گندم، گراس، پرایمر اختصاصی، دی،ان،ا ریبوزومی، توالی نواحی نسخه برداری شده داخلی