بررسی تنوع ژنتیکی فیتوپلاسماهای عامل جاروک لیموترش در ایران با استفاده از PCR-RFLP و آنالیز توالی ژنهای پروتیین ریبوزومی و S rDNA16
صاحب اثر: سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی
نوع محتوی: طرح پژوهشی
زبان: فارسی
استان موضوع گزارش: تهران
شهر موضوع گزارش: تهران
شناسه ملی سند علمی: R-1060268
تاریخ درج در سایت: 27 بهمن 1397
دسته بندی علمی: علوم کشاورزی
مشاهده: 276
تعداد صفحات: 45
سال انتشار: 1389
نسخه کامل طرح پژوهشی منتشر نشده است و در دسترس نیست.
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
چکیده طرح پژوهشی:
بیماری جاروک لیمو ترش (Lime witches-broom) یکی از مخربترین بیماریهای فیتوپلاسمایی در ایران است که توسط Candidatus Phytoplasma aurantifolia ایجاد می گردد. در این تحقیق به منظور بررسی تنوع ژنتیکی فیتوپلاسمای عامل جاروک لیموترش و همچنین بررسی آلودگی احتمالی مرکبات و سایر میزبانهای علفی در استانهای آلوده هرمزگان، سیستان-بلوچستان و کرمان در طی سالهای 86-87 بازدیدهایی از باغات آلوده صورت گرفت. علایم بیماری در درختان لیموترش اغلب به صورت زردی، ریزبرگی، کاهش فاصله میانگره ها، ظهور شاخه های جارویی در درختان آلوده بود. برای تعیین تفاوتهای احتمالی جدایه های فیتوپلاسمایی از مناطق مختلف از روشهای مبتنی بر واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) و PCR-RFLP با کاربرد ترکیبی از نواحی ژنی مختلف استفاده شد. در این تحقیق 125 نمونه مورد بررسی قرار گرفت. پس از استخراج DNA کل ، ژنوم جدایه ها با استفاده از جفت آغازگر P1/P7 (واکنش دور اول) و R16F2/R16R2 ( واکنشNested-PCR ( تکثیر گردید. قطعه 1250 جفت باز تکثیر شده با آغازگر R16F2/R16R2 با استفاده از آنزیمهای برشی HaeIII، EcoRI و MspI تجزیه و تحلیل RFLP شدند. مقایسه قطعات DNA بریده شده در جدایه های انتخاب شده از مناطق مختلف مشخص نمود که محلهای برش آنزیمی در DNA فیتوپلاسمای عامل جاروک لیمو ترش مناطق مختلف کاملا مشابه هستند. به منظور بررسی دقیق تر روابط فیلوژنتیکی فیتوپلاسمای عامل جاروک لیموترش از آغازگرهای طراحی شده بر اساس ژن پروتیین ریبوزومیrpF1/rpR1 و ژن فاکتور طویل سازی rTuf1/fTuf1 استفاده گردید. ولی محدود بودن واکنشهای مثبت PCR نمونه ها و وجود باندهای تکثیر شده ضعیف با این آغازگر مانع استفاده از این آغازگر برای بررسی تنوع ژنتیکی شد. با توجه به کارایی بالای ناحیه بین ژنی در بررسی تنوع ژنتیکی، در ادامه کار جدایه های LWB،12 LWB،25 LWB،44 LWB،97 LWB119 از مناطقی با فاصله جغرافیایی دورتر، با استفاده از جفت آغازگر fP3/m23Sr تحت واکنش زنجیره ای پلیمراز قرار گرفتند. تعیین توالی قطعه 340 جفت باز تکثیر شده توسط این آغازگر و مقایسه توالی های بدست آمده از این جدایه ها با سایر توالی های موجود در بانک اطلاعات ژنی NCBI نشان داد که قطعه توالی یابی شده جدایه های جمع آوری شده از استانهای مذکور صد در صد با یکدیگر شباهت دارند و در گروه Peanut Witches-broom قرار گرفتند. به دلیل مشاهده عدم تنوع بین جدایه های جاروک لیموترش با استفاده از نواحی ژنی ذکر شده، از ژنDNA polymerase beta III chain استفاده شد. قطعه 650 جفت باز تکثیر شده توسط جفت آغازگر pTBB14F/pTBB14R طراحی شده از ناحیه ژنی DNA polymerase beta III chain تعیین توالی نوکلیوتیدی شدند. نتایج تعیین توالی نشان داد که جدایه های جاروک لیموترش 99-100 درصد با یکدیگر شباهت دارند. در این تحقیق نتایج حاصل از PCR-RFLP با نتایج تعیین توالی نوکلیوتیدی نواحی ژنی مختلف تطابق داشت و جدایه های مورد مطالعه در گروه Peanut witches-broom قرار گرفتند. در تحقیق حاضر مرکباتی غیر از لیموترش نظیر پرتقال و نارنگی، گیاهان علفی و علف های هرز از جمله یونجه، شبدر، کنجد،خار شتر، علف شور، تاج ریزی، بارهنگ، پیچک صحرایی، تاج خروس، آفتابگردان، خاکشیر، گل جعفری و پنبه به عنوان میزبانهای احتمالی از نظر آلودگی به فیتوپلاسما مورد آزمایش قرار گرفتند که از بین آنها آلودگی طبیعی کنجد به اثبات رسید. علایم بیماری در کنجد به صورت گل سبزی، گل عقیمی و بدشکلی ساقه ظاهر گردید که بعد از PCR با آغازگرهای P1/P7 ( PCR دور اول) و R16F2/R16R2 ( واکنش دور دوم ) قطعه 1250 نوکلیو تیدی تکثیر شد که بر اساس علایم بیماری و واکنش مثبت در مقابل PCR و تعیین توالی نوکلیوتیدی کنجدآلوده به فیتوپلاسما تشخیص داده شد و در گروه Peanut witches-broom قرار گرفت. در تحقیق حاضر مرکباتی غیر از لیموترش نظیر پرتقال و نارنگی، گیاهان علفی و علف های هرز از جمله یونجه، شبدر، کنجد، خار شتر، علف شور، تاج ریزی، بارهنگ، پیچک صحرایی، تاج خروس، آفتابگردان، خاکشیر، گل جعفری و پنبه به عنوان میزبانهای احتمالی از نظر آلودگی به فیتوپلاسما مورد آزمایش قرار گرفتند که از بین آنها آلودگی طبیعی کنجد به اثبات رسید. علایم بیماری در کنجد به صورت گل سبزی، گل عقیمی و بدشکلی ساقه ظاهر گردید که بعد از PCR با آغازگرهای P1/P7 (PCR دور اول) و R16F2/R16R2 ( واکنش دور دوم ) قطعه 1250 نوکلیو تیدی تکثیر شد که بر اساس علایم بیماری و واکنش مثبت در مقابل PCR و تعیین توالی نوکلیوتیدی کنجدآلوده به فیتوپلاسما تشخیص داده شد و در گروه Peanut witches-broom قرار گرفت. مرکباتی نظیر پرتقال و نارنگی، گیاهان علفی و برخی از علفهای هرز که فاقد علایم و یا دارای علایم زردی و ریز برگی بودند در واکنش با PCR هیچ قطعه ای را تکثیر نکردند. واژه های کلیدی: فیتوپلاسما، جاروک لیموترش، واکنش زنجیره ای پلیمراز(PCR)، تعیین توالی نوکلیوتیدی، میزبانهای علفی
کلیدواژه ها:
نویسندگان