بررسی مطالعه مقایسه ای ژنوم ویروس تب برفکی تیپ ‭A ‬مردآباد با ویروس عادت کرده به کشت سلول

بیماری تب برفکی یکی از مهمترین بیماری های ویروسی برای دام های اهلی محسوب می شود. به جهت شیوع بالای بیماری تب برفکی در ایران به واسطه تیپ های O، ‭Asia‬1 ،‭A ‬شمار وسیعی از واریانت های جدید این ویروس درچند سال گذشته تشخیص داده شده اند. ویروس تیپ A‮‭87‬ یکی از مهمترین و شایع ترین آنها در دهه گذشته بوده است که برای سالها درواکسن موسسه بکارمیرفته است .ویروس تب برفکی تیپ‭A-mardabad ‬یا تیپA‮‭87‬ که آداپته شده بر روی سلول ‭BHK ‬شده است در این تحقیق مورد مطالعه دقیق مولکولی قرار گرفت . نتایج نشان داد که ویروس عادت یافته به کشت سلول دارای تغییرات زیاد و منحصر به فردی در طول ژنوم شده است که به ترتیب به مناطقی که دستخوش تغییرات شده اند اشاره میشود در بخش 5‭'UTR ‬در سه موقعیت ‮‭1097‬ و ‮‭1127‬ و‮‭1160‬در ژنوم ویروس تغییر‭C T ‬مشاهده میشود که موجب تغییر در ساختمان دوم این منطقه شده است لازم به ذکر است این تغییرات قبلا گزارش نشده است.همینطور در بخش ‭L-ProteaseC ‬هشت تغییر اسید آمینه ای در این پروتیین مشاهده شد که در ویروس تب برفکی تا به حال گزارش نشده است(این تغییرات شامل تبدیل ‭aa‬‮‭12‬‭Y S ‬در موقعیت اسید آمینه شماره ‮‭12‬ وتبدیل ‭F I ‬در موقعیت اسید شماره ‮‭14‬ و تبدیل ‭T S ‬در موقعیت ‮‭19‬ و ‭EN AD ‬در موقعیت ‮‭76‬ و‮‭77‬ وتبدیل ‭V I ‬در موقعیت‮‭127‬وتبدیل ‭D N ‬در موقعیت ‮‭176‬و ‭K R ‬در موقعیت ‮‭198‬ پروتیین مشاهده گردید که در مطالعات بیوانفورماتیک تغییرات در ساختمان دوم و سوم پروتیین مذکور مشهود است. از جمله ویژگی های بارز این سوش دو اسیدآمینه ‭ AQ‬در ژن ‭VP‬3 درتوالی ‭NSSCVGSAAQDFELRLPIDPRAQ ‬میباشد که در سایر ویروس های تب برفکی مشاهده نشده است. این ویروس دارای حذف سیزده اسید آمینه‭RGDLGSLAARVAA ‬درپروتیین 1‭D ‬درمنطقه لوپ ‭ G-H‬که محل اتصال ویروس به سلول میباشد . در منطقه 2‭B ‬، 2‭C ‬هفت تغییر اسید آمینه ای مشاهده شده هست که شامل ‭IN LD ‬در موقعیت ‮‭968‬و‮‭969‬ همچنین ‭RNG RDG ‬در اسید آمینه شماره ‮‭1002‬ و همینطور ‭F S ‬در اسید آمینه شماره ‮‭1222‬ و ‭T I ‬در موقعیت ‮‭1239‬ و ‭LL YC ‬دراسید آمینه شماره ‮‭1244‬ مشاهده گردید. کمترین تغییرات در پروتیین 3‭C ‬در دواسید آمینه شماره ‮‭1884‬ ‭A T ‬و دیگری در موقعیت اسیدآمینه شماره ‮‭1926‬ تغییر ‭T A ‬را شناسایی کردیم. همچنین تغییرات اسید آمینه ای ومنحصر به فردی شامل تبدیل ‭D E ‬در موقعیت اسید آمینه شماره ‮‭2098‬ و تبدیل ‭A G ‬در اسیدامینه شماره ‮‭2129‬ و تبدیل ‭N D‬در موقعیت شماره ‮‭1222‬ دو بخش پروتیین3‭Dpol ‬مشاهده شد که از همه مهمتر تبدیل ‭D E ‬میباشد زیرا دقیقا در داخل حفره ‭RNApolymerase ‬ویروس قرار گرفته است ولی علارقم اینکه تا به حال گزارشی دال برچنین آرایشی در اسید امینه این منطقه وجود ندارد و این نتیجه نشان میدهد که منعی در تکثیر ویروس ایجاد نمیکند. همچنین در قسمت انتهایی 3‭'UTR ‬سه تغییر در توالی نوکلیوتیدی مشاهده شد که دو تای آن در موقعیت ‮‭8185‬ و ‮‭8198‬ به ترتیب ‭C ‬،Gقرار دارد که منحصر به فرد میباشد. کلید واژه ها ‭: Foot and Mouth Disease Virus‬، ‭Tupe A RT-PCR = Reverse transcriptase polymerase chain reaction Sequencing ‬، ‭DNA cloning ‬، T7‭promoter ‬، ‭Plasmid ‬، ‭T/A cloning vector Receptor binding site ‬، ‭G-H loop