مطالعه مولکولی ژن‭S1 ‬ویروس های ماساچوست برونشیت عفونی جدا شده از سندرم تنفسی

ویروس یرونشیت عفونی ‭(IB) ‬عامل یک بیماری حاد فوق العاده مسری بنام برونشیت عفونی است که در همه کشورها یی که پرورش طیور دارند بومی است. برونشیت عفونی موجب زیان های اقتصادی زیاد به صنعت طیور می گردد. و بعنوان مهمترین بیماری طیور محسوب می شود. ویروس برونشیت عفونی غالبا باعث بیماری تنفسی در جوجه های جوان و کاهش تولید در مرغان تخمگذار می شود. برخی از سویه های ویروس به کلیه ها تمایل داشته و تا %‮‭30‬ در گله های آلوده تلفات می دهند. ویروس برونشیت عفونی در جنس 3 کوروناویروس ‭(Coronavirus) ‬خانواده کوروناویریده ‭(Coronaviridae) ‬، رسته نیدوویرال ‭(Nidovirales) ‬قرار دارد. در برخی منابع بیش از ‮‭30‬ سروتیپ و تعداد زیادی سویه های حاد و ظهور سویه جدید متنوع برای ویروس گزارش شده است. و تنها تفاوت در تعداد اندکی اسید امینه در پروتیین S1 سویه های واکسن با سویه های حاد می تواند عامل مصونیت ضعیف پرندگان مایه کوبی شده باشد. تولید واریانت های ژنتیکی در اثرموتاسیون نقطه ای، دخول و یا حذف نوکلیوتیدها درگلیکوپروتیین ‭S ‬ویروس روی می دهد موتاسیون غالبا در مناطق بسیار متغیر ‭(hyper variable region ) ‬گلیکو پپتید S1 روی می دهد. توالی S1 بین سویه های مختلف ویروس بطور قابل توجهی، معمولا 2 تا ‮‭25‬ % متفاوت است . تنوع در توالی S1 برای تشخیص و تمایز بین سروتیپ ها ی مختلف ویروس برونشیت عفونی استفاده می شود. هدف از این مطالعه تعیین ارتباط ژنتیکی بین ویروس های ماساچوست برونشیت عفونی در گردش با سویه های واکسینال ماساچوست با استفاده از پرایمر های اختصاصی که بر اساس توالی های منتشر شده ژن S1 ویروس برونشیت عفونی طراحی شده اند. برای انجام آزمایش‭RT-PCR ‬از مایع آلانتوییک آلوده به ویروس برونشیت عفونی ‭RNA ‬ویروس استخراج شد. سپس محصولات ‭PCR ‬تعیین توالی شدند و همولوژی آنها با سویه های استاندارد برونشیت عفونیM‮‭41‬) ، ‭Baudette ‬سویه های واکسن ‮‭52‬‭-H-‬‮‭12‬، ‭H ‬و ‭Ma‬5 ) برگرفته از بانک ژن با برنامه ‭BioEdite ‬و ‭MegAlign‬مقایسه شد. آنالیز توالی ها نشان داد که توالی ژن S1 ویروس های جدا شده با سویه M‮‭41‬ بترتیب %‮‭99‬ و %‮‭97‬ در توالی نوکلیوتیدی و آمینواسیدی شباهت دارند. هم چنین توالی نوکلیوتیدی و آمینو اسیدی ‮‭14‬جدایه ارتباط بسیار نزدیک ( ‮‭99‬% - %‮‭100‬ ) با واکسن های ‭H-‬،‮‭120‬ H،‮‭52‬ ‭Ma‬5 دارند. توالی جایگاه شکست پروتیینS1 سه جدایه ‮‭43‬ ، ‮‭70‬ و ‮‭17‬ دارای 5 اسید آمینه متوالی ‭Arg-Arg-Phe-Arg-Arg (RRFRR) ‬که شامل اسید های آمینه ( اسیدهایرآمینه ‮‭557‬ الی ‮‭553‬ ) مشابه اکثر سویه های برونشیت عفونی طیور سروتیپ ماساچوست می باشند. واژه های کلیدی : ویروس برونشیت عفونی، سروتیپ ماساچوست، تعیین توالی ژن S1 ، آنالیز فیلوژنی ، واکنش زنجیره ای پلیمراز معکوس ، مناطق بسیار متغیر