ناشر تخصصی کنفرانس های ایران

لطفا کمی صبر نمایید

Publisher of Iranian Journals and Conference Proceedings

Please waite ..
CIVILICAWe Respect the Science
ناشر تخصصی کنفرانسهای ایران
عنوان
مقاله

Analysis of microsatellite markers related to monoterpenoid biosynthesis in medicinal plant ajowan using RNA-Seq

تعداد صفحات: 1 | تعداد نمایش خلاصه: 163 | نظرات: 0
سال انتشار: 1397
کد COI مقاله: CIGS15_047
زبان مقاله: انگلیسی
متن کامل این مقاله منتشر نشده است و فقط به صورت چکیده یا چکیده مبسوط در پایگاه موجود می باشد.
توضیح: معمولا کلیه مقالاتی که کمتر از ۵ صفحه باشند در پایگاه سیویلیکا اصل مقاله (فول تکست) محسوب نمی شوند و فقط کاربران عضو بدون کسر اعتبار می توانند فایل آنها را دریافت نمایند.

مشخصات نویسندگان مقاله Analysis of microsatellite markers related to monoterpenoid biosynthesis in medicinal plant ajowan using RNA-Seq

Mehdi Soltani Howyzeh - Department of Agronomy and Plant Breeding, College of Abouraihan, University of Tehran, Tehran, Iran.
Seyed Ahmad Sadat Noori - Department of Agronomy and Plant Breeding, College of Abouraihan, University of Tehran, Tehran, Iran.
Vahid Shariati - National Institute of Genetic Engineering and Biotechnology, Tehran, Iran.
Mahbobeh Amiripoor - Department of Agronomy and Plant Breeding, College of Abouraihan, University of Tehran, Tehran, Iran.

چکیده مقاله:

Microsatellite markers play a key role in the genome and gene expression, especially in secondary metabolite biosynthesis in medicinal plants. Trachyspermum ammi, which known as ajowan belonging to family Apiaceae is a highly valued medicinally important seed spice. Ajowan ecotypes ‘Arak’ and ‘Shiraz’ were grown at the experimental station of College of Abouraihan, University of Tehran, Pakdasht, Tehran, Iran. RNA was isolated from T. ammi inflorescences (5 days after anthesis) using TRIzol reagent (Invitrogen, USA) according to the manufacturer s instruction. RNA samples were treated with DNase I (TURBO DNase; Ambion,TX, USA). Quality and quantity of the extracted RNA were checked on 1% agarose gel and by nano-drop, respectively. Subsequent RNA quality control was carried out on a QC Bioanalyzer and each sample received an RNA integrity numbers (RIN) of greater than 8. The RNA sequencing was done on an Illumina HiSeq 2000 instrument for a paired-end run of 2x100 reads at the Beijing Genomes Institute. In average 25 millions of HQ paired-end reads per library were obtained from T. ammi inflorescent and assembled into contigs using Trinity software. In this study, 11,468 unitranscripts (7913 unigenes) were found to contain 13593 potential microsatellites. The frequency of SSRs found to be approximately one per 10.1 kB of assembled sequence. More than 57 percent of unigenes containing SSRs were blasted with carrot genome. A total of 3437 unigenes (43%) were functional categoried, which among them 2,219 unigenes (64.6%) belonged to the metabolic process category and 71 unigenes (1.2%) were assigned to the secondary metabolic process . In this study, 12 genes were detected in the terpenoid backbone biosynthesis pathway, that their transcripts were containing a microsatellite. The development of these markers can be used for future studies of marker-assisted selection, genetic diversity and construct genetic maps in this medicinal plant.

کلیدواژه ها:

Apiaceae, Secondary metabolic, Transcriptome, Terpenoids

کد مقاله/لینک ثابت به این مقاله

برای لینک دهی به این مقاله می توانید از لینک زیر استفاده نمایید. این لینک همیشه ثابت است و به عنوان سند ثبت مقاله در مرجع سیویلیکا مورد استفاده قرار میگیرد:

https://civilica.com/doc/983696/

نحوه استناد به مقاله:

در صورتی که می خواهید در اثر پژوهشی خود به این مقاله ارجاع دهید، به سادگی می توانید از عبارت زیر در بخش منابع و مراجع استفاده نمایید:
Soltani Howyzeh, Mehdi و Sadat Noori, Seyed Ahmad و Shariati, Vahid و Amiripoor, Mahbobeh,1397,Analysis of microsatellite markers related to monoterpenoid biosynthesis in medicinal plant ajowan using RNA-Seq,سومین کنگره بین المللی و پانزدهمین کنگره ملی ژنتیک ایران,تهران,,,https://civilica.com/doc/983696

در داخل متن نیز هر جا که به عبارت و یا دستاوردی از این مقاله اشاره شود پس از ذکر مطلب، در داخل پارانتز، مشخصات زیر نوشته می شود.
برای بار اول: (1397, Soltani Howyzeh, Mehdi؛ Seyed Ahmad Sadat Noori و Vahid Shariati و Mahbobeh Amiripoor)
برای بار دوم به بعد: (1397, Soltani Howyzeh؛ Sadat Noori و Shariati و Amiripoor)
برای آشنایی کامل با نحوه مرجع نویسی لطفا بخش راهنمای سیویلیکا (مرجع دهی) را ملاحظه نمایید.

مدیریت اطلاعات پژوهشی

صدور گواهی نمایه سازی | گزارش اشکال مقاله | من نویسنده این مقاله هستم

اطلاعات استنادی این مقاله را به نرم افزارهای مدیریت اطلاعات علمی و استنادی ارسال نمایید و در تحقیقات خود از آن استفاده نمایید.

علم سنجی و رتبه بندی مقاله

مشخصات مرکز تولید کننده این مقاله به صورت زیر است:
نوع مرکز: دانشگاه دولتی
تعداد مقالات: 55,951
در بخش علم سنجی پایگاه سیویلیکا می توانید رتبه بندی علمی مراکز دانشگاهی و پژوهشی کشور را بر اساس آمار مقالات نمایه شده مشاهده نمایید.

مقالات مرتبط جدید

به اشتراک گذاری این صفحه

اطلاعات بیشتر درباره COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.

پشتیبانی