بررسی تنوع ژنتیکی برخی ژنوتیپ های لیمو اسیدی (Citrus aurantifolia Swingle) ایران بر پایه نشانگر AFLP

سال انتشار: 1395
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 454

فایل این مقاله در 16 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_JOPP-23-3_005

تاریخ نمایه سازی: 11 آبان 1398

چکیده مقاله:

سابقه و هدف: مرکبات یکی از مهمترین محصولات مناطق نیمه گرمسیری دنیا هستند که لایم های اسیدی (Citrus aurantifolia) در آن گروه بزرگی را تشکیل می دهند. کشت و کار این گروه از لایم ها از دیر باز در مناطق جنوبی ایران متداول بوده و نقش مهمی در اقتصاد منطقه دارد. از آنجا که امروزه بسیاری از درختان لایم منطقه به دلایل مختلف در معرض از بین رفتن قرار دارند، بنابراین داشتن اطلاعات درباره ژنتیک آن درختان برای طراحی برنامه های اصلاحی جهت دست یابی به گیاهان مناسب و با اهداف خاص کمک شایانی است. در این تحقیق سعی شده است نسبت به بررسی تنوع ژنتیکی برخی ژنوتیپ های بومی لیموهای اسیدی مربوط به مناطق کاشت عمده این محصول در جنوب ایران و مقایسه آنها با شش رقم تجاری، اقدام گردد. مواد و روش ها: پس از نمونه برداری از برگ های جوان و کاملا توسعه یافته، DNA ژنومی آنها استخراج شد. از نشانگر AFLP با کاربرد چهار ترکیب پرایمری حاصل از آغازگرهای EcoRI و MseI، شامل ECGC/MAGA، ECCA/MAGA، ECCA/MAGT و ECGC/MAAG برای بررسی روابط ژنتیکی 30 ژنوتیپ بومی از سه منطقه داراب (فارس)، منوجان (کرمان) و میناب (هرمزگان) و شش رقم وارداتی استفاده شد. داده های حاصل توسط ضریب شباهت جاکارد و الگوریتم UPGMA مورد تجزیه قرار گرفتند. یافته ها: در مجموع این چهار ترکیب، تولید 126 باند قابل نمره دهی کردند که 63/70% حالت چندشکلی داشتند. دامنه تعداد نوارهای تکثیر شده برای هر ترکیب پرایمری در محدوده 26 الی 37 بود (متوسط 22 نواربه ازای هر ترکیب). حداکثر تعداد نوارمشاهده شده ی چند شکل در ترکیب ECCA/MAGT به تعداد 27 نواربود. میزان محتوای اطلاعات چند شکلی محاسبه شده برای تمام ترکیب ها از 4/0 تا 5/0 با متوسط 48/0 بود. دامنه تشابه بدست آمده توسط ضریب تشابه جاکارد بین 24/0 تا 96/0 بود که کمترین میزان بین لیمو شیرین (C. limetta) و ژنوتیپ D8 از داراب و حداکثر بین دو ژنوتیپ منطقه میناب (M4-2 و M4-2) مشاهده شد. تجزیه خوشه ای، نمونه ها را در چهار گروه قرار داد که این گروه بندی با موقعیت جغرافیایی تهیه نمونه ها مطابقت قابل توجهی نداشت. به عبارت دیگر نمونه های جمع آوری شده از مناطق مختلف از یکدیگر تفکیک نشدند اما نمونه های منطقه میناب شباهت ژنتیکی بیشتری با یکدیگر در مقایسه با نمونه های دو منطقه منوجان و داراب نشان دادند که دلیل آن می تواند محدود بودن تنوع کاشت مرکبات در منطقه باشد. نتیجه گیری: درصد چندشکلی و محتوای اطلاعات چندشکلی قابل توجه حاصل از ترکیبات آغازگری بکاررفته در این پژوهش بیانگر توانمندی این نشانگرها در تفکیک ژنوتیپ های مختلف لیمو اسیدی است. با استفاده از این نشانگرها تنوع ژنتیکی چشم گیری بین ژنوتیپ های لیمو اسیدی مشاهده شد اما این تنوع به گونه ای نبود که قادر باشد ژنوتیپ های مناطق مختلف را از هم منفک نماید. به نظر می رسد شاید با افزایش تعداد ترکیبات آغازگری و استفاده از سایر نشانگرها همانند SSR، SNP و غیره بتوان به این تفکیک دست یافت. همچنین نتایج این بررسی نشان داد که ژنوتیپ های لیمو اسیدی ایران به دلیل آنکه اکثرا به صورت جنسی تکثیر شده اند دارای تنوع ژنتیکی بالایی می باشند.

کلیدواژه ها:

مرکبات ، ترکیب پرایمری ، محتوای اطلاعات چند شکلی ، تجزیه خوشه ای ، تنوع ژنتیکی

نویسندگان

شاهین جهانگیرزاده خیاوی

دانشجوی دکتری گروه علوم باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه گیلان.

یوسف حمیداوغلی

دانشیاری گروه علوم باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه گیلان

بهروز گلعین

دانشیار موسسه تحقیقات مرکبات کشور (رامسر).

عاطفه صبوری

استادیار گروه زراعت و اصلاح نباتات دانشگاه گیلان.

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • ord-spacing: 0px; -webkit-text-size-ad1. Abedinpour, H., Ranjbar, G.A., Babaeian Jelodar, N., ...
  • Assessment of polymorphism in citrus genotypes using RAPD molecular ...
  • markers. Plant. Prod. Res. J. 21(4): 165-178. (In Persian) ...
  • Al-Anbari, A., Kanawapee, N., Al-Kazragi, T.A., Al-Jewari, H., ...
  • Al.Mashhadani, A., Barusrux, S., Pornpongrungrueng, P., and Theerakulpisut, ...
  • P. 2014. Genetic diversity of citrus (Rutaceae) in Iraq based ...
  • amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. Afr. J. Agric. Res. 9(11): ...
  • Al-Sadi, A.M., Al-Moqbali, H.S., Al-Yahyai, R.A., and Al-Said, F.A. 2012. ...
  • AFLP data suggest a potential role for the low genetic ...
  • Citrus aurantifolia Swingle) in Oman in the outbreak of witches’ ...
  • disease of lime. Euphytica. 188: 285–297. ...
  • Bove, J.M., Danet, J.L., Bananej, K., Hassanzadeh, N., Taghizadeh, M., ...
  • M., and Garnier, M. 2000. Witches’ broom disease of lime ...
  • Proceedings of the Fourteenth Conference of the International Organization of ...
  • Citrus Virologists. Pp: 207-212. ...
  • Campos, E.T., Espinosa, M.A.G., Warburton, M.L., Varela, A.S., and Monter, ...
  • A.V. 2005. Characterization of mandarin (Citrus spp.) using morphological and ...
  • AFLP markers. Interciencia. 687-693. ...
  • Ellis, R.P., Mcnicol, J.W., Baird, E., Booth, A., and Lawrence, ...
  • of AFLP to examine genetic relatedness in barley. Mol. Breed. ...
  • Fang, D.Q., Roos, M.L., Krueger, R.R., and Federic, C.T. 1997. ...
  • trifoliate orange germplasm accessions with isozymes RFLPs and inter-simple ...
  • sequence repeat markers. Theor Appl Gen. 95: 211–219. ...
  • Goleina, B., Bigonah, M., Azadvar, M., and Golmohammadid, M. 2012. ...
  • Analysis of genetic relationship between ‘Bakraee’ (Citrus sp.) and some ...
  • known citrus genotypes through SSR and PCR-RFLP markers. Sci. Hort. ...
  • http://www.diversityarrays.com/sites/default/files/pub/DArT_DNA_isolation.pdf ...
  • bfw.ac.at/200/1859.html ...
  • Khounani, Z., Naghavi, M.R., Omidi, M., Sabokdast, M., and Talebi ...
  • E. 2010. Assessment of genetic diversity in the samples ferulla ...
  • Iran using AFLP markers. J. Med. Plat. 38: 117-126. (In ...
  • Kumar, S., Jena, S.N., and Nair, N.K. 2010. ISSR polymorphism ...
  • orange (Citrus indica Tanaka, Rutaceae) and related wild species in ...
  • India. Sci. Hort. 123: 350–359. ...
  • Martinez-Castillo, J., Colunga-GraciaMarin, P., and Zizumbo-Villarreal, D. ...
  • 8. Genetic erosion and in situ conservation of lima bean ...
  • L.) landraces in its Mesoamerican diversity center. Gen. Resour. Crop. ...
  • Mohammadi, Z., Sabouri, A., Heydari, R., Sabouri, H., Falahi, H.A., ...
  • A.R., and Mousanejad, S. 2014. Investigation of population structure and ...
  • genetic diversity of barley genotypes using AFLP molecular markers. Cereal ...
  • Res. 4(2): 141-154. (In Persian) ...
  • Munankarmi, N.N., Shrestha, R.L., Rana, N., Shrestha, J.K.C., Shrestha, S., ...
  • Koirala, R., and Shrestha S. 2014. Genetic diversity assessment of ...
  • Citrus aurantifolia, Swingle) landraces of eastern Nepal using RAPD markers. ...
  • Int J Appl Sci Biotech. 2(3): 315-327. ...
  • Nartvaranant, P., and Nartvaranan, K. 2011. Analysis based on AFLP ...
  • of the genetic variations and their relationships for pummelo cultivars ...
  • the central region of Thailand. Songklanakarin J. Sci. Technol. 33(5): ...
  • Nematollahi, A.Kh., Golein, B., and Vahdati, K. 2013. Analysis of ...
  • diversity in Citrus (Citrus spp.) species using SSR markers. J. ...
  • Pal, D., Malik, S.K., Kumar, S., Choudhary, R., Sharma, K.C., ...
  • R. 2013. Genetic variability and relationship studies of Mandarin (Citrus ...
  • reticulate Blanco) using morphological and molecular markers. Agri. Res. 2: ...
  • Pang, X.M., Hu, Ch.G., and Deng, X.X. 2007. Phylogenetic relationships ...
  • Citrus and its related genera as inferred from AFLP markers. ...
  • Crop. Evol. 54: 429–436. ...
  • Powell, W., Morgante, M., Andre, C., Hanafey, M., Vogel, J., ...
  • Rafalsky, A. 1996. The comparison of RFLP, RAPD, AFLP and ...
  • for germplasm analysis. Mol. Breed. 2: 225- 38. ...
  • Robles-Gonzalez, M.M., Medina-Urrutia, V.M., Velazquez-Monreal, J.J., and ...
  • Simpson, J. 2008. Field performance and molecular profiles of Mexican ...
  • selection. Euphytica. 161: 401–411. ...
  • Rohlf, F.J. 1998. NTSYS-pc Numerical taxonomy and Multivariate analysis ...
  • system, Exeter Software, Setauket, New York. ...
  • Roldain-Ruiz, I., Calsyn, E., Gilliand, T.J., Coll, R., Van Eijk, ...
  • Loose, M. 2000. Estimating genetic conformity between related ryegrass ...
  • Lolium) varieties, 2. AFLP characterization. Mol. Breed. 6: 593-602. ...
  • Shahsavar, A.R., Izadpanah, K., Tafazoli, E., and Sayed Tabatabaei, B.E. ...
  • Characterization of Citrus germplasm including unknown variants by intersimple sequence ...
  • Shrestha, R.L., Dhakal, D., Gautam, D., Paudyal, K.P., and Shrestha, ...
  • Genetic diversity assessment of acid Lime (Citrus aurantifolia) landraces in ...
  • Nepal, using SSR markers. Amer. J. Plant. Sci. 3: 1674-1681. ...
  • Singh, S., and Rajam, M.V. 2009. Citrus biotechnology: Achievements, ...
  • limitations and future directions. Physiol. Mol. Biol. Plants. 15(1): 3-22 ...
  • Talebi Kohyakhy, E., Naghavi, M.R., and Mohammad Aliha, M. 2008. ...
  • the essential oil variation of Ferula gummosa samples from Iran. ...
  • Vos, P., Hogers, R., Bleeker, M., Reijans, M., De Lee, ...
  • Frijters, A., Pot, J., Peleman, J., Kuiper, M., and Zabeau, ...
  • technique for DNA fingerprinting. Nucl. Acids Res. 2: 4407-4414. ...
  • نمایش کامل مراجع