تجزیه ساختار و تنوع ژنتیکی ارقام جو با استفاده از نشانگرهای اس.ان.پی

جو یکی از مهم ترین گیاهان خانواده غلات است و از نظر اهمیت اقتصادی در مقام چهارم دنیا قرار گرفته است. وجود تنوع ژنتیکی اساس برنامه های اصلاحی است و برای بهبود گیاهان زراعی ضروری است. نشانگرهای اس.ان.پی به دلیل فراوانی زیاد در ژنوم یکی از بهترین نشانگرها برای مطالعه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت است. در این مطالعه 100 رقم جو پاییزه با استفاده از 3964 نشانگر اس.ان.پی با MAF بیشتر از ده درصد مورد ارزیابی قرار گرفت. دامنه شاخص PIC در کل جمعیت از 0.19 تا 0.5 با میانگین 0.39بود. مقدار این شاخص برای اغلب نشانگرها (3352 نشانگر) بیشتر از 0.25 بود. میانگین شاخص PIC بر روی کروموزوم های مختلف از 0.37 (کروموزوم های شماره 2 و 5) تا 0.42(کروموزوم های شماره 3 و 7) متغیر بود. تعیین ساختار جمعیت نشان داد که ژنو تیپ ها بر اساس نشانگرهای مورد استفاده در دو زیرگروه قرار می گیرند که با مورفولوژی دوردیفه یا شش ردیفه بودن سنبله مطابقت داشت. تجزیه واریانس مولکولی و تعیین شاخص Fst در نواحی از ژنوم که باعث تمایز دو زیرجمعیت شده اند، نشان داد این مناطق ژنومی با ژن های کنترل کننده مورفولوژی سنبله هم مکان هستند. میانگین عدم تعادل لینکاژی با افزایش فاصله ژنتیکی کاهش یافت و در داخل زیرگروه ها بیشتر از عدم تعادل موجود در کل جمعیت بود. عدم تعادل ژنتیکی در ارقام شش ردیفه نسبت به ارقام دو ردیفه روند کاهشی سریع تری داشت. این پژوهش نشان داد تنوع ژنتیکی قابل ملاحظه ای در ارقام جو پاییزه وجود دارد و می توان از آن در برنامه های اصلاحی استفاده کرد.

کلیدواژه ها:

تنوع ژنتیکی ، ساختار جمعیت ، عدم تعادل لینکاژی ، اس.ان.پی