ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

دینامیک حباب و نحوه ی شکل گیری آن در مارپیچ دوگانه DNA

محل انتشار: فصلنامه علمی فیزیک کاربردی ایران، دوره: 7، شماره: 2
سال انتشار: 1396
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 637

فایل این مقاله در 12 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/862590

شناسه ملی سند علمی:

JR_JAPAZ-7-2_001

تاریخ نمایه سازی: 18 خرداد 1398

چکیده مقاله:

از دیدگاه فیزیک آماری باز شدن محلی DNA یک پدیده ی جذاب به شمار می آید. دناتوراسیون محلی مارپیچ دوگانه DNA یک الگوی اساسی برای توابع بیولوژیکی مانند تکرار و رونویسی از DNA می باشد.مدل های مزوسکوپی مانند دو مدل PB و PBD دقت زیادی برای نشان دادن منحنی دناتوراسیون و انتقال فاز در حد ترمودینامیکی دارند، بر این اساس در این مقاله با استفاده از کسر مولکول های باز شده و همچنین کسر جفت بازهای باز شده در رشته دوگانه DNA، به مقایسه نحوه احتمال تشکیل حباب در دو مدل گفته شده پرداخته شده است. همچنین با استفاده از طیف ابعاد رنی به بررسی نقاط پیش ذوب و دمای دناتوراسیون در مدل PBD پرداخته شده است. بعد رنی بعنوان ابزاری برای تایید نتایج قبلی و پیشگویی نتایج مورد استفاده قرار گرفته است که بخوبی می تواند نقاط بحرانی سیستم را مشخص کند.در نهایت مشخص می شود مدل غیر خطی PBD به صورت بهتر و جامع تر منحنی تشکیل حباب را نشان داده است

کلیدواژه ها:

دی ان آ ، حباب ، دناتوراسیون ، ذوب دی ان آ

نویسندگان

سهراب بهنیا

عضو هیئت علمی گروه فیزیک دانشگاه صنعتی ارومیه

شیما فتاحی

دانشجو، دانشگاه صنعتی ارومیه، گروه فیزیک

سمیرا فتحی زاده

دانشجوی دکتری

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Zoli,M.; (2014). J.Theor.Biol. 354:95-104. ...
  • Rapti, Z.; Smerzi,A.; Bishop,A. R.; Choi,C. H. and Usheva,A.;(2006).Europhys. ...
  • Palmeri ,J.; Manghi,M. and Destainville,N.;(2008).Phys. Rev. E. 77: 011913. ...
  • Rapti,Z.;Rasmussen,K. Ø. and Bishop,A. R.;(2011).J. Nonlinear. Math. Phys. ...
  • Zoli,M.;(2010).Phys. Rev. E. 81:051910. ...
  • Fogedby,H. C. and Metzler,R.;(2007). Phys.Rev.Lett. 98: 070601. ...
  • Zrimec,J. and Lapanje,A.;(2015).IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinf. 12: 1137-1145. ...
  • Daniel,M. and Vanitha,M.;(2011).Phys. Rev. E. 84:031928. ...
  • Chakrabarti,R.;(2011). Chem. Phys. Lett. 502:107-111. ...
  • Van Erp,T. S.;Cuesta-Lopez,S. and Peyrard,M.;(2006). Eur. Phys. J. E. 20: ...
  • Bergues-Pupo,A. E.; Bergues,J. and Mand Falo,F.;(2014).Phys A: 396: 99-107. ...
  • Behnia,S.; Akhshani,A.; Panahi,M.;Mobaraki,A. and Ghaderian,M.; (2011).Phys. Rev. E. 84:031918. ...
  • Peyrard,M. and Bishop,A. R.;(1989). Phys.Rev.Lett.62: 2755. ...
  • Frank Kamenetskii,M. D. and Prakash,S.;(2014). Phys.Life.Rev. 11: 153-170. ...
  • Zhang, Y. L.; Zheng,W. M.;Liu,J. X. and Chen,Y. Z.;(1997).Phys. Rev. ...
  • vanErp,T. S. and Peyrard, M.;(2012). Europhys. Lett. 98: 48004. ...
  • Bergues-Pupo,A. E. and Bergues,J. M.;(2013). Phys. Rev. E. 87: 022703. ...
  • Tapia-Rojo, R.; Prada-Gracia, D.;Mazo, J. J. and Falo, F.; (2012). ...
  • Ares, S. and Kalosakas, G.; (2007). Nano. Lett. 7: 307-311. ...
  • Behnia, S.; Fathizadeh, S. and Akhshani, A.; (2016). J. Phys. ...
  • Dauxois, T.; Peyrard, M. and Bishop, A. R.; (1993). Phys. ...
  • Zeng, Y., Montrichok, A., and Zocchi, G.; (2004). J. mol. ...
  • Badii, R. and Politi, A.;(1987). Phys. Rev.A.35: 1288. ...
  • Halsey,T.C.; Jensen, M.H.;Kadonoff, L.P.;Procaccia, I. and Shraiman, B.I.;(1986). Phys. Rev. ...
  • Grassberger, P.;(1983).Phys. Lett. A.97: 224. ...
  • Hentschel, H. G. E. and Procaccia, I.;(1983). Physica D.8: 435. ...
  • Ares,S.;Voulgarakis,N. K.;Rasmussen,K. Ø. and Bishop,A. R.;(2005). Phys. Rev. Lett. 94: ...
  • Mishra,G.;Sadhukhan,P.;Bhattacharjee,S. M. and Kumar,S.;(2013).Phys. Rev. E. 87: 022718. ...
  • Jost,D.;Zubair,A. and Everaers,R.;(2011).Phys. Rev. E. 84: 031912. ...
  • Tapia-Rojo,R.; Mazo,J. J. and Falo,F.;(2010). Phys. Rev. E. 82:031916. ...
  • vanErp,T.S.; Cuesta-Lopez,S.;Hagmann,J. G. and Peyrard,M.;(2005). Phys. Rev. Lett .95:218104. ...
    • نمایش کامل مراجع