تقریب مقادیر از دست رفته در میکروآرایه با استفاده از الگوریتم مبتنی بر چگالی DBSCAN

میکرآرایه ها معمولا به دلایل مختلفی مانند گرد و غبار و یا خطاهای آزمایشگاهی، حاوی مقادیر از دست رفته برای داده های بیانژن هستند. مجموعه داده های میکروآرایه با مقادیر از دست رفته میبایست دقیق نسبت داده شوند تا قبل از اینکه برای تحلیل بیماری ها استفاده شوند. اگرچه داده های از دست رفته، می تواند با تکرار آزمایش ها به دست بیاید اما معمولا به دلایل اقتصادی و یا محدودیت های نمونه برداری امکان پذیر نیستند بنابراین نیاز به روشهای دیگر برای تقریب مقادیر از دست رفته احساس میشود. در روش پیشنهادی در این مقاله، ابتدا خوشه ها بر اساس روش مبتنی بر چگالی DBSCAN شکل می گیرند و بعد از تشخیص ژن های هسته، با استفاده از فاکتور نوسان، احتمال تشابه داده از دست رفته بیان ژن با هسته محاسبه میشود. در پایان، مقدار تقریبی برای داده از دست رفته بر اساس فاکتور تشابه محاسبه می شود. مقایسه روش پیشنهادی با روش مشابه تقریب بر اساس الگوریتم خوشه بندی KNN برای یک میکروآرایه انتخابی نشان میدهند که روش پیشنهادی کارآیی خوبی دارد و مقادیر تقریبی قابل قبولی را ارائه می کند.

کلیدواژه ها:

داده بیان ژن ، داده از دست رفته ، خوشه بندی مبتنی بر چگالی ، فاکتور نوسان ، میکروآرایه