بررسی عملکرد ژن FNDC5 در گوسفند با تکنیک های بیوانفورماتیکی

سندرم چاقی و متابولیک به سرعت به یک نگرانی اقتصادی ، اجتماعی و سلامت جهانی تبدیل شده است که نیازمند استراتژیهای جدید درمانی است. در همین راستا ژن FNDC5 کدکننده یک پروتیین ترشحی که از عضلات حین ورزش آزاد میشود و باعث قهوه ای شدن بافت چربی سفید با تحریک بیان ژن UCP1 از طریق گیرنده های هستهای PPARA میشود، مورد مطالعه قرار گرفت. از آنجایی که این ژن در گوسفند عملکرد آن مشخص نشده است. بدین منظور از پایگاه اطلاعاتی خانواده های پروتیینی ،ProDam که براساس توالیهای مشترک1 است استفاده شد. سپس برای بررسی عملکرد پروتیین FNDC5 از وب سایت SMART ، ScanProsite ارایهدهنده Expasy و برای اثرات متقابل این پروتیین با پروتیین های دیگر از وب سایت STRING 9.1 استفاده شد. در نهایت ساختار دوم و سوم براساس توالی اسیدامینه ای در گونه گوسفند با افزارPSIPRED ، Phyre2 و I-TASSER انجام شد. نتایج حاکی از وجود دو توالی مشترک PD092082 و PD063241 بود. عضو خانواده و بالاخانواده2 فیبرونکتین نوع3 و همچنین توپولوژی3 و همولوژی4 آن مشابه ایمونوگلوبین5 میباشد. اثرات متقابل پروتیین فیبرونکتین نوع سه با C1QL4 ، VANGL2 ، UFSP2 ، YPEL1 و ZMPSTE24 نشان داد که برای ایفای نقش این پروتیین همانند آپوپتوز، تمایز، بقا و رونویسی ضروری است. همچنین نتایج ScanProsite نشان داد که دمین فیبرونکتین نوع 3 دارای یک تریپپتید (Arg-Gly-Asp)RGD میباشد، که اتصالات سلولی بواسطه اتصال تری پپتید RGDSبه integrins انجام میشود.

کلیدواژه ها:

ایمونوگلوبین ، فیبرونکتین نوع 3 ، دمین- بالا خانواده