مقایسه ساختار ژنتیکی گاومیش با گاو هلشتاین با استفاده از تراشه های SNP

در این پژوهش با هدف بررسی ساختار ژنتیکی ژنوم گاومیش با گاو هلشتاین از چیپ 50 کی و 777 کی گاوی استفاده شد. تعداد 1089 نمونه اسپرم از گاونر هلشتاین ایتالیا و 384 نمونه خون از گاومیش های ماده کشور برزیل تهیه و تعیین ژنوتیپ به ترتیب با استفاده از چیپ 50 کی و 777 کی شرکت ایلومینا انجام شد. تصحیح داده ها با Plink انجام گرفت و مقدار پیوستگی نامتعادل با دو پارامتر r2 و Dˊ محاسبه شد. متوسط MAF در کروموزوم های مختلف هلشتاین بین 0/20 تا 0/29 بود و که از متوسط MAF در گاومیش(0/13± 0/14) بیشتر بود. سطح پیوستگی نامتعادل در هر دو گونه با افزایش فاصله بین مارکر ها کاهش یافت. پارامتر r2 در جمعیت گاومیش ها بالاتر از جمعیت هلشتاین بود و اندازه موثر جمعیت در گاومیش نسبت به اندازه موثر جمعیت در هلشتاین کمتر بود، که نشان دهنده بسته بودن جمعیت و سطح بالای پرورش خویشاوندی در گاومیش بود. بطور کلی نتایج این پژوهش نشان داد که ساختار ژنتیکی دو گونه شباهت زیادی با یکدیگر دارد، لذا تراشه های SNP که بیشتر با هدف اصلاح نژاد در گونه گاو طراحی شده اند قابل استفاده در مطالعات ارتباطی وانتخاب ژنومی گاومیش نیز می باشند

کلیدواژه ها:

گاومیش ، گاو هلشتاین ، تراشه 50 کی ، تراشه 777 کی ، ساختار ژنتیکی جمعیت