جهت گیری المانهای DNA با در نظر گرفتن یک شرط مرزی

در محیط سلولی، DNA در برهمکنش با پروتئین ها و موتورهای مولکولی تغییر شکل پیدا می کند. برای بررسی رفتار DNA، آن را به صورت یک زنجیره در نظر می گیریم ( مدل زنجیره ی کرم مانند WLC). در این مقاله با در نظر گرفتن یک جهت گیری ثابت برای اولین تکه ی DNA، رفتار تکه ی پایانی را برای یک رشته ی همگن و چند توالی خاص بررسی می کنیم. نتایج به دست آمده نشان می دهد که احتمال جهت گیریِ یک المان با زاویه ی کمتر از 90 درجه نسبت به تکه ی اول دارای یک بیشینه در طولی کمتر از طول ایستایی است. برای زوایای بزگتر از این مقدار می توان یک طول مؤثر پیدا کرد که در آن طول، احتمال به مقدار ثابتی می رسد. رفتار توالی های مختلف در طول های بلند مثل یک رشته ی همگن با طول ایستایی میانگین است ولی در طول های کوتاه از این تقریب فاصله می گیرد.