تعیین برخی عوامل موثر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن ژنوتیپی برای استفاده در مطالعات رابط هیابی سراسری ژنومی در گاوهای شیری
- سال انتشار: 1393
- محل انتشار: فصلنامه علوم دامی ایران، دوره: 45، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_IJAS-45-1_002
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 573
نویسندگان
دانشجوی دکتری پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران
استادپردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران
استادپردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران
دانشیارپردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران
چکیده
در این مطالعه اثر دو راهبرد متفاوت، تاثیر رابطه خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیتهای آزمون، و اثر فراوانی آلل نادر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن با استفاده از جمعیتی شبیهسازیشده، بررسی شد. جمعیت مرجع حاوی 1000 فرد و جمعیتهای آزمون حاوی 500 فرد بود.ژنوتیپ افراد در جمعیت مرجع با دو تراشه تعیین شد. تراشه اول تراشهای متراکم حاوی 75000 SNP به اضافه QTLهای موثر بر صفات بود. تراشه دوم، تراشهای با تراکم متوسطحاوی 7500 SNP بود. ژنوتیپ افراد جمعیتهای آزمون بر مبنای تراشهای با تراکم پایین حاوی 500 SNP تعیین گردید. ایمپیوتیشن ژنوتیپی طی دو راهبرد انجام گرفت. در راهبرددومرحلهای، ژنوتیپ تراشه تراکم پایین بهطور مستقیم از تراشه متراکم ایمپیوت شد. در راهبرد سهمرحلهای، ابتدا ژنوتیپ تراشه تراکم پایین از تراشه تراکم متوسط ایمپیوت و سپس ژنوتیپتراشه متراکم ایمپیوت شد. ایمپیوتیشن ژنوتیپی با روش BEAGLE صورت گرفت. بررسی همبستگی بین فراوانی آلل نادر با نرخ خطای ایمپیوتیشن نشان داد که نرخ خطای ایمپیوتیشنتحت تاثیر فراوانی آلل نادر قرار دارد. نرخ خطای ایمپیوتیشن زمانی که از تراشه SNP تراکم متوسط استفاده شد، کاهش یافت. با افزایش فاصله بین جمعیت مرجع و جمعیتهای آزمون، نرخ خطای ایمپیوتیشن افزایش یافت.کلیدواژه ها
ایمپیوتیشن ژنوتیپی، تراشه متراکم، شبیهسازی، فراوانی آلل نادرمقالات مرتبط جدید
- دانش بوم شناختی سنتی گالش های مازندران در ارتباط با حفاظت از درختان و درختچه -های جنگل های هیرکانی (مطالعه موردی منطقه لفور)
- بررسی اثر ضدباکتریایی دو محصول اسیدیفایر داخلی و خارجی بر روی برخی باکتریهای بیماریزای طیور
- تعیین غلظت عناصر معدنی پرنیاز و کم نیاز در مایع شکمبه ریز کپسوله شده با هیدروکلوئیدهای آلژینات سدیم و کیتوزان
- بررسی امکان کاربرد میکروگانیسم های پروبیوتیک در جیره غذایی به منظور افزایش راندمان تولید در کارگاه های تکثیر و پرورش ماهیان زینتی
- بررسی اثر ضدویروسی عصاره متانولی سرخارگل در کنترل ویروسVZV
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.