مدلسازی شبکه های تنظیم کننده ژنی با استفاده از شبکه های بیزین

سال انتشار: 1386
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 2,083

فایل این مقاله در 6 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

ICBME14_112

تاریخ نمایه سازی: 3 تیر 1387

چکیده مقاله:

پروتئینها محصولات نهائی ژنها طی یک فرایند پیچیده می باشند. علاوه بر خواص مجزای هر ژن، تعاملات بین ژنها، پروتئینها و مواد دیگر در سلول، تشکیل یک شبکه ی پیچیده می دهند و نقش مهمی در عملکرد درست سلول بازی می کنند. به منظور فهم نحوه ی عملکرد یک ارگانیسم باید بدانیم کدام ژن ها، با چه سرعتی و در چه زمانی بیان می شوند. با استفاده از مدلسازی شبکه های ژنی می توان اعمال سلولی را در سطحِ مولکولی تشریح کرد. روش آزمایشگاهی میکروآرای ههای DNA امکان اندازه گیری همزمان بیان هزاران ژن را فراهم می کنند. به دلیل نویزی بودن داده های میکروآرایه و طبیعت احتمالاتی شبکه های بیزین و لذا توانایی آن ها در کار با این گونه داده ها، در این مقاله از آ نها برای مدلسازی روابط علّی میان ژن ها استفاده شده است. یک مسأله ی اساسی در مورد یادگیری شبکه های بیزین، زمان محاسباتی زیاد و فضای جستجوی بسیار بزرگ است. لذا در این کار از دانش بیولوژیک موجود در مورد ژنهای همکار (اُپرونها)، به منظورکاهش فضای جستجو استفاده شد، به این صورت که اُپرونها به عنوان گره های شبکه ی بیزین در نظر گرفته می شوند. نتایج به دست آمده در این تحقیق بر روی داده های زمانی مربوط به باکتری اشریشیا کولای (E.coli) نشان می دهند که روش ارائه شده می تواند کاندید مناسبی برای نمایش روابط صحیح بین ژن ها باشد.

کلیدواژه ها:

شبک هی بیزین ، داده های سری زمانی میکروآرایه ، دانش بیولوژیکی

نویسندگان

فاطمه یاوری

دانشکد هی مهندسی پزشکی، دانشگاه صنعتی امیرکبیر

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • _ Z. Bar-Joseph, *Analyzing time series gene expression data? B ...
  • http : //en _ wikipedia _ org/w ik i/G e ...
  • K.C. Shih, R.M. Chen, R.M. Hu, F.M. Liu, H.K. Chen, ...
  • M. Takane, ،Inference of Gene Regulatory Networks from Large Scale ...
  • Rishi R. Gupta, Luke E.K. Achenie, _ network model for ...
  • _ A.B. Khodursky, B.J. Peter, N.R. Cozzarelli, D. Botstein, P.O. ...
  • X. Chen1, G. Anantha1, X. Wang, 00An effective structure learning ...
  • I. M. Ong _ J.D. Glasner, D. Page, *Modelling regulatory ...
  • regulatory networks from time-series microarray _ Physica A 350, pp: ...
  • نمایش کامل مراجع